1.航天科技國家實驗教學示範中心
2.教育部航天災害應急工程研究中心。
3.先進振動與控制教育部重點實驗室
4.人工智能和自動化研究所
5.軟件工程學院軟件工程研究所
6.飛機設計和發展國家合作創新中心
7.飛機安全評估和認證科技創新中心
8.航空動態控制技術重點實驗室
這些涉及航空航天、軌道交通、自動化、計算機科學等諸多領域的科研機構，為南京航空航天大學的科研和教學提供了強有力的支持。