因為受到委托，柯南、毛利小五郎、小蘭以及少年偵探團的成員們，來到橫濱壹家酒店，它位於綜合型主題公園“奇跡領地”的入口處。被帶到給他們準備的套房之後，委托人的秘書給了他們每人壹個手表型的ID識別卡，小蘭和少年偵探團們興致勃勃地去乘坐極受歡迎的雲霄飛車。房間裏的屏幕上出現了委托人的身影，他希望柯南和小五郎為他解決壹件事情，並要求他們自己尋找出究竟是什麽事件。此前委托人已經找過四個偵探為他進行調查，到現在只有壹個人在繼續進行，有兩個人已經不幹了，還有壹個人是小五郎也認識的偵探龍阿茶。無能的偵探沒有生存的資格，冷酷的委托人按下了電腦鍵盤的“ENTER”鍵，龍阿茶手腕上的識別卡開始倒計時，最終畫面上閃光後壹片漆黑。委托人告訴心驚的柯南和小五郎，如果晚上10點以前，他們還沒能解決這次的事件，那麽包括柯南壹行所有人的識別卡都會爆炸，對方甚至知道柯南的真實面目就是工藤新壹。關西的高中生名偵探服部平次，他可愛的青梅竹馬和葉也成了人質，壹直在追查怪盜基德的高中生偵探始祖白馬探，也接受了神秘男子的委托。偵探們都和柯南壹樣向著謎題挑戰，面對史無前例巨大的敵人，柯南、平次、白馬、怪盜基德，以及小五郎和刑警們，都需要在時限以內爭分奪秒地努力。而蘭、菏葉和少年偵探團成為了人質。限時12個小時。 因為12小時之後就是遊樂場關門的時候，而他們所帶的ID手表壹旦離開了遊樂場就會爆炸。
中間就是破案的過程，最後柯南服部知道了答案，原以為幕後的是黑衣組織的人，結果是壹個瞎了的電腦高手。而且他之所以知道來的是新壹，是因為壹開始招待他們坐的椅子的把手上有指紋識別系統，而且他又看不見只能用這個方法。