廣州南沙港客運碼頭位於南沙區虎門大橋以南約1.6 km處，西臨南沙周浦高新技術開發區和南沙會展中心，北靠虎門大橋飛臨珠江東西兩岸，南臨五星級南沙大酒店，地理條件優越。
廣州番禺南沙港客運有限公司成立於1992，主要從事廣州南沙與香港之間的水上客運服務。目前，公司擁有5艘高速雙體船，配備了先進的衛星導航系統和雷達系統，包括VIP座位、頭等艙座位和普通座位，共有380多個座位。目前靠港碼頭包括香港中國港城碼頭和港澳碼，每天至少有10個往返航班，航行時間75分鐘，為旅客出行時間提供了充足的選擇。
為了接送乘客，公司配備了20多輛客車，並在廣州、番禺、順德設有乘客接送網點，為乘客乘船提供便利。隨著地鐵四號線和廣州公交線路的普及，旅客乘船到南沙客運港越來越方便。
(2)廣州番禺蓮花山港客運碼頭
廣州番禺蓮花山港客運碼頭位於蓮花山旅遊區南麓，獅子洋西岸，距香港61海裏，距廣州市區30分鐘車程，交通便利。是1985國務院批準的國家壹類口岸。1986年，廣州番禺蓮花山港客運有限公司成立，廣州番禺蓮花山港至香港水路客運航線首航。
廣州番禺蓮花山港主要從事番禺蓮花山港至香港中港城的水路客運業務。公司擁有連剛湖、連山湖、朱利安湖、南桂四艘現代先進的豪華雙體船高速客船，總載客量1415。番禺蓮花山港到香港每天有10航班，航行時間僅需1小時50分鐘。
為方便各界人士購票，廣州番禺蓮花山港客運有限公司在廣州、番禺的祈福新村等各大賓館、酒店及大宅、村鎮設立了50余個電腦聯網售票點，提供往返廣州番禺蓮花山港的免費班車服務，並提供港口碼頭免費停車服務。