夏特古道橫跨天山南北兩個氣候帶。昭蘇和夏特溫泉位於天山北坡，氣候濕潤，夏季多雨，而天山南坡的拜城縣和南木薩爾河谷氣候幹燥。1月最冷，達阪附近平均氣溫-16℃ ~-25℃。北坡和大阪積雪較厚，難以通行；最高氣溫在7月，月平均氣溫10-12度。夏季大量降水集中在7、8月份，占全年降水量的三分之二；盛夏的高溫導致冰川迅速融化，穆紮爾特河暴漲，切斷了古道，人畜無法通行，所以6、7、8月不適合穿越。