雖然是在江戶時代正式成立的，但也正是從這個時代開始，日本進入了長時間德川家族統治的和平時期，在歷史舞臺上的活動越來越少。由於失去了活動的舞臺，忍者逐漸消失在歷史的舞臺上。以至於很多忍術都失傳了。忍者活動的最後記錄是，在1637年的“島原叛亂”中，忍者曾作為幕府的部署進行戰鬥。
忍者的工作主要是為領主進行秘密戰術、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、擾亂敵方後備基地等間諜活動。因為死前要隱姓埋名，終身過著黑暗的生活；不能留幾句話，以免日後事端。所以，日本忍者的起源應該追溯到什麽時候？沒人敢斷言。然而，在忍術秘籍中，有記載說聖德太子(五世紀末到六世紀初)身邊有壹個名叫“大伴”的忍者。
目前，雖然日本各地的忍術流派數不勝數，但畢竟會回到伊賀(三重縣西北)和加賀(滋賀縣以南)。他們的祖先是同壹個家族，大部分都有血緣關系。但是，如果他們的雇主(君主)互相敵視，他們就不得不互相爭鬥，甚至成為兄弟。
另壹方面，為了方便忍術世代傳承，他們也不得不頻繁通婚，可以說是唇齒相依的關系。稍微想壹想就知道，壹旦在這個地方長大，不管是男是女，還能為了家族秘密和別人結婚生子嗎？而且，男忍者背後壹般都有女忍者。這種工作，除非我從小接觸過，否則是理所當然的。不然某天老公突然不辭而別。普通女人誰能受得了不生氣？
在忍者的世界裏，有四條基本戒律:不濫用忍術(只為生意)，放棄壹切自尊(逃命很重要)，守口如瓶(哪怕丟了命)，絕不暴露身份(這是最基本的忍術)。忍者活躍的時期有三個:11世紀末到12世紀末的元平時期，13世紀的南北朝時期，14世紀中葉到15世紀末的戰國時期。戰國時期也可以說是壹個忍者“百花齊放，百家爭鳴”的時代。