在與各種疾病和流行病的長期鬥爭中，清代人們對瘟疫的發生、傳播和流行有了進壹步的認識。尤其是清末，人們通過疫災的教訓，對危害人體健康的庸俗生活習俗有了新的認識和很大的改變。
流行病災害的發生有很多原因，但公共衛生是控制瘟疫和傳染病的壹個非常重要的環節。到了清代，尤其是清末，人們不講究衛生的陋習主要是飲食不衛生，居民生活環境惡化。
食品衛生主要是飲用水衛生。清代水汙染問題在清末更為嚴重。特別是城市的水汙染越來越嚴重，很多中小城鎮的水汙染也在顯現。
首先，流經城市的河流變得相當渾濁。城市居民使用河水作為飲用水，但城市中沒有公共水。未經處理的河水是居民的公共用水。
其次，城市裏的河流充滿了臟水，有壹股難聞的氣味。晚清溫病大師在其《霍亂專論》中說，當時的上海:“人口擁擠，風氣更熱，房間密集，汙濁之氣更盛，附郭河，汙隱之，水濁之。”“在城市的繁華地帶，兩邊的房屋漸漸蠶食，河體太窄，刀都插不進去。與此同時，到處都是灰色的船和糞船。居民們從早到晚都在洗衣去汙，這樣河水就臟了，喝了必然滋生疾病。”
生活環境方面，主要有三個方面:街道清潔和汙水排放、糞便管理和屍體處理。由於城市和中小城鎮排水設施不良，汙水溝、汙水池、汙水橫流的情況時有發生。糞便管理不善也是導致居民生活環境惡劣的重要因素。"每個肥料廠都適合非本地居民."當時，壹些死於疫情的人因為家境貧寒而無法下葬，使得屍氣成為引發瘟疫的重要因素。
針對這種情況，晚清的壹些醫學家已經認識到疫病的發生與環境汙染有壹定的關系，並針對水衛生和居住環境提出了壹些註意事項。
如道鹹年間著名中醫溫病學家王世雄提出:
壹，“或疏浚河道，無汙染；或挖井泉，不必飲濁。”
第二，“房子不管大小，都要開敞通風，打掃衛生。”
三、“食井逢夏，宜入全片明礬、雄黃，解水毒開蛇。”石菖蒲的根宜浸泡在水缸中，減少香味。"
再如清末思想家、醫家邱晨在治療瘟疫的實踐中，提出了壹些食品和環境消毒的防疫方法:“溝渠溝渠要清理，衣服要漿，泉水要早抽，用沙瀝幹，蔬菜要久燉，冰鎮為佳。”大房子要多開窗，小房子要急通風孔。更重要的是每天在馬桶桶上塗上細碳屑，消除汙物。"
為了防止流行病的滋生和傳播，壹些人口中心開始註意城市的衛生條件。
首先是清理河道，疏通城市河道，緩解了清代中後期人口大量增加造成的嚴重城市河道汙染。就像南京在智、光緒年間清理秦淮河等內河壹樣，因為初步解決了河道整治的資金來源，曾國藩、左、劉坤壹等歷任兩江總督都召集團練官兵參與，南京內河多次疏浚。
其次，各地城市的居住環境也得到壹定程度的治理。比如上海，同治二年(1863)，公共租界工商所設立了汙物清除股等機構，負責道路環境衛生和垃圾處理。光緒元年(1875)，上海郡署告知境內和租界的商家，禁止出售用青礬染色的海帶，違者嚴懲不貸。光緒八年(1882)，修建公x租界自來水廠供水。
再如，在杭，光緒二年(1876)八月，浙江嘉寶局命錢塘、仁和兩縣“對“隨意傾倒垃圾者，點名控告，或捆綁到縣內處罰”。光緒十四年二月，兩縣表明要“限期清理”堆積在“杭城大街小巷、門口渡口”的垃圾。光緒二十三年正月，歸掃路局管，由壹夫打掃。光緒二十九年五月，改為派出所管理。規定早上八點前必須將垃圾清理幹凈，不允許糞擔在街上行走，並設置木箱清理垃圾。
光緒二十八年(1902)，霍亂等疫情在全國流行。
根據當年《大公報》的壹系列報道，我們可以看到，近代西方科學的健康衛生觀在清末開始傳播，並對中國傳統的健康衛生觀產生了很大的影響。
清代瘟疫期間，全國各地，主要是南方，都采用“驅疫鬼”的方法防治瘟疫。媒體尖銳地批判了“驅除疫鬼”的傳統惡俗，宣傳了健康衛生的科學理念，以達到“啟蒙民眾”的目的。
當時地方政府在食品衛生方面加強了對食品衛生的檢查。“魚蝦有臭味，容易叫疫病，也就是說故宮裏不允許賣魚蝦等鮮活的東西，漁民也被勒令停業。”各省市也設置了自來水，不僅在防疫方面發揮了重要作用，還可以改變城市居民的飲水習慣，幫助人們形成現代健康衛生觀念。
比如“廈門沒有泉水，幹旱難取。”前幾天，閆少山觀測為了安裝水管，特意請了日本的技術人員到廈門測量隧道的距離。聽說已經籌集了20多萬，還有人在上海買了水管機雲。"
再比如天津最大的自來水廠，吉安市自來水公司，就是在瘟疫期間修建的。由於瘟疫給人們帶來了巨大的痛苦和災難的慘痛教訓，人們逐漸形成了飲食上講究衛生的觀念。
比如荷蘭水(也就是蘇打水)，最初是用生水制作的，後來用開水制作，經過各種捕快驗證後才允許出售。水瓶上貼著壹張紅色紙條，上面有英國武官簽名的外文字樣，聲明水是幹凈的，實際上是用開水制成的。這壹現象表明健康的概念越來越流行。
清末疫災期間，隨著自來水廠、官廁等壹大批與大多數城市居民日常生活直接相關的現代化公共衛生設施的建立，對普通民眾的衛生習慣和觀念產生了極大的影響。
與此同時，壹批掌握了現代西醫和衛生學知識的醫生和衛生局官員成為了普通百姓信賴的權威。伴隨著這種信任感，人們對自身固有的不衛生習俗的懷疑，為清末健康衛生科學理念的傳播鋪平了道路。