自治縣的自治機關設在巴馬鎮。第三條自治縣的自治機關是自治縣人民代表大會和自治縣人民政府。
自治縣的自治機關實行民主集中制的原則。
自治縣的自治機關依照憲法規定行使縣級地方國家機關的職權，依照憲法、民族區域自治法和其他法律規定的權限行使自治權，根據自治縣的實際情況執行國家的法律和政策。第四條自治縣的自治機關領導全縣各族人民堅持人民民主專政，堅持社會主義道路，反對資產階級自由化，以經濟建設為中心，堅持改革開放政策，搞好物質文明和精神文明建設，努力把自治縣建設成為民族平等、民族團結、國家繁榮的民族自治地方。第五條自治縣的自治機關根據實際情況，在不違背憲法和法律的原則下，采取特殊政策和靈活措施，加速自治縣經濟、文化建設事業的發展。
自治縣的自治機關在執行上級國家機關的決議、決定、命令和指示時，如與民族區域自治法有抵觸的，按民族區域自治法執行，並報上級機關備案；不適合自治縣實際情況的，應當報上級國家機關批準，變通執行或者停止執行。第六條自治縣的自治機關以國家的整體利益為重，積極完成上級國家機關交給的各項任務。第七條自治縣的自治機關維護民族團結，保障憲法和法律在自治縣的遵守和執行，發展各民族平等、團結、互助的社會主義民族關系，禁止民族歧視和民族分裂。
自治縣的自治機關保障各民族都有使用和發展自己的語言文字的自由，都有保持或者改革自己的風俗習慣的自由。第八條自治縣的自治機關繼承光榮革命傳統，發揚各民族艱苦奮鬥、勇於拼搏、團結互助的精神，加強具有民族特色的社會主義精神文明建設。倡導愛祖國、愛人民、愛勞動、愛科學、愛社會主義的公德，培養有理想、有道德、有文化、有紀律的公民，不斷提高各族人民的政治思想科學文化水平。第九條自治縣的自治機關對公民廣泛進行社會主義民主和社會主義法制的宣傳教育，保護各民族公民的合法權益，依法懲處壹切反對和破壞社會主義制度的敵對分子，打擊經濟犯罪和刑事犯罪活動。第二章自治縣的自治機關第十條自治縣人民代表大會是自治縣的國家權力機關。
自治縣人民代表大會中，瑤族和其他少數民族代表的名額和比例，由自治縣人民代表大會常務委員會根據法律規定的原則確定，報自治區人民代表大會常務委員會備案。
自治縣人民代表大會常務委員會是自治縣人民代表大會的常設機關，對自治縣人民代表大會負責並報告工作。
自治縣人民代表大會常務委員會的組成人員中，瑤族公民所占的比例應當高於其人口所占的比例，並且應當有瑤族公民擔任主任或者副主任。
自治縣人民代表大會常務委員會根據工作需要設立辦事機構。第十壹條自治縣人民政府是自治縣人民代表大會的執行機關，是自治縣的國家行政機關。
自治縣人民政府對自治縣人民代表大會和自治區人民政府負責並報告工作。自治縣人民代表大會閉會期間，對自治縣人民代表大會常務委員會負責並報告工作。
自治縣的縣長是瑤族公民。自治縣人民政府由縣長、副縣長、主任、局長等組成。瑤族成員的比例應高於其人口比例。
自治縣人民政府實行縣長負責制，縣長主持人民政府的工作。
自治縣人民政府所屬各工作部門的工作人員中，瑤族的比例可以高於其人口比例。第十二條自治縣的自治機關根據上級國家機關規定的原則和自治縣的特點和需要，決定工作部門的設置和編制。
自治縣的自治機關可以在上級國家機關分配給自治縣的招收人員總指標中，確定從各民族和農村人口中招收的人數；招收瑤族人員的條件可以適當放寬。
自治縣內上級國家機關所屬的企業事業單位在招收人員的時候，應當優先招收當地少數民族人員。
自治縣國家機關、企業事業單位編制內自然減員的缺額，由自治縣自主安排補充。