世界觀設定為類似地球的行星。在遙遠的古代，有壹群叫做塞特拉的人生活在這個星球上。他們發明了壹種能量晶體——魔石，並以此為基礎建立了強大的魔法文明。但是，他們中的壹些人創造了終極黑魔法——隕石，為了追求力量，從太空召喚恒星撞擊星球。這種魔法實施的結果就是在星球上留下了永久的傷疤，就是北方的大洞。與此同時，伴隨隕石而來的外星生命“Genova”開始入侵這顆星球。
這個遭受重創的星球開始復仇。它創造了幾個巨大的怪物，幾乎消滅了塞特拉民族。他們曾經建造的繁華城市也變成了“被遺忘的城市”(也就是動畫中克勞德第壹次與聖蕭薔戰鬥並被文森特解救的地方)。
塞特拉人幸存的部分封印了極黑魔法石，守護著唯壹能對抗極黑魔法石的極白魔法石——“聖物”，代代相傳。
許多年以後，星球上出現了壹家名為“神羅”的公司。他們發現了壹種能量物質——魔波，在星球的“生命之泉”中流淌。這種物質給他們帶來了大量的財富，使他們得以建立自己的軍隊，建造了壹座神奇的城市米德卡爾，並獲得了整個星球的實質性主權。
與此同時，為了獲得更強的戰鬥力，神羅公司開始進行科學研究，並在壹個名叫Ni Polhem的小鎮建立了研究基地，主要研究莫黃以及外星生命“Genova”對人類的影響。研究的結果是，他們有壹群擁有超強戰鬥力的“勇士”，但同時又把大量活人變成了怪物。
這項研究工作由兩位科學家領導——鮑條博士和賈思特博士。當時研究所裏有兩個戀人:女科學家盧克雷齊亞和安全部門的文森特。他們因爭吵而分手。寶條醫生趁機接近露克蕾莎，騙走了她的感情。後來，露迪雅懷上了寶條博士的孩子，癡迷於研究的寶條決定把她肚子裏的胎兒作為改造研究的對象。他將Genova細胞植入胎兒體內，進行了神奇的搖床治療。胎兒出生後，他被命名為薩菲羅斯。他天生擁有異於常人的超強戰鬥力，很快成為眾人敬仰的大英雄，並被神羅公司任命為“勇士”組織的首領。但神的子民隱瞞了他的身世，騙他說他沒有父親，母親是熱那亞人。之後，識破寶藏真面目的露迪雅因羞愧而逃離神羅公司，隱居在壹個遠離塵世的地方。被憤怒沖昏頭腦的文森特落入了寶條的圈套，成為了人體改造的實驗品。就這樣，薩菲羅斯的生活成了壹個秘密。
幾年後，由於不同意寶條的想法，佳斯特博士離開了神羅公司。他遇見了塞特拉的後裔法娜，並愛上了她。婚後，他們隱居在北方的壹個多雪的小鎮上，在那裏他們有了壹個女兒愛麗絲。但是他們平靜的生活並沒有持續多久。神羅的追兵很快就找到了他們。加斯特掩護妻子和女兒逃跑，結果被槍斃。法爾娜獨自和愛麗絲過著流亡生活。當她來到魔都時，她終於倒下了。臨死前，她把塞特拉家族傳下來的白色魔法石給了女兒，托付給壹個碰巧路過的名叫赫米娜的善良女子。
另壹方面，在加斯特博士離開後不久，神羅的研究部門也離開了波爾赫姆，小鎮的居民也恢復了平靜的生活。這時，克勞德出生了。小時候他是個內向懦弱的孩子，總是和其他孩子疏遠，但他也渴望和其他孩子壹起玩，尤其崇拜比他小壹歲，總是被很多孩子圍著的漂亮女孩蒂芙尼。有壹次克勞德勇敢地救了蒂法，但大人們誤以為他讓蒂法陷入了危險。這件事讓克勞德很自卑，於是他決定去神羅軍，想成為像薩菲羅斯壹樣的“戰士”，成為人人敬仰的英雄。在他離開之前，他告訴蒂芬妮他的想法。
克勞德成功進入了神羅軍隊，成為了壹名神羅戰士，但他始終沒有成為自己夢想中的“戰士”。相反，他遇到了壹個叫沙克的戰士。薩克性格開朗，熱情。他曾經在傳教的過程中遇到了愛麗絲，並和她成為了壹對戀人。作為前任，艾薩克很照顧克勞德，克勞德也很尊重他，以他為榜樣，經常模仿他的言行。
有壹天，克勞德接到壹個任務，要和艾薩克壹起去波爾海姆檢查那裏的魔晃爐設施(其實是檢查被遺棄在那裏的失敗人類改造的“實驗”)，他們的首領是薩菲羅斯。
當他走近自己的家鄉時，克勞德感到羞愧，因為他曾經吹噓自己想成為壹名士兵，但未能實現。他羞於面對蒂芬妮。所以他用頭盔遮住臉，害怕認出蒂芙尼。
任務中，薩克粗心的問題觸動了壹直懷疑自己人生的薩菲羅斯。他開始從神羅研究部留下的資料中尋找答案，卻誤入歧途，把自己當成了熱那亞派來占領星球的毀滅者。完全瘋了的薩菲羅斯殺死了鎮上的所有人，試圖阻止他的蒂法和艾薩克也被他打傷。就在這時，克勞德撿起了艾薩克掉落的大刀，拼命將薩菲羅斯打入深淵。
之後，身受重傷的蒂芙尼被老師救了出來，克勞德和薩克落入了神羅公司的手中，成為了實驗品。有壹天，薩克趁人不備破壞了實驗設施，帶著克勞德逃走了。當他們接近魔城時，被沈洛追趕。艾薩克被射殺去掩護克勞德，奄奄壹息的克勞德幸運地被他們幸免於難。
醒來的克勞德拿起艾薩克的大刀，掙紮著來到了墨皇城，在那裏開始了他的傭兵生涯。因為壹連串的打擊讓他頭腦混亂，他把記憶中艾薩克的影子和自己混為壹談，以為自己是個軍人。當初和薩菲羅斯壹起去波爾漢姆執行任務的士兵就是他自己。幾年後，Tifa偶遇在街上遊蕩的Claude，將他帶回酒店，為他的“雪崩”組織工作。
雪崩的領導者是巴雷特。早年生活在壹個生產煤礦的小村子裏，神羅公司在那裏建了壹座魔晃爐。不料發生爆炸事故，村裏大部分人葬身火海。為了掩蓋事故和追捕幸存者，巴雷特逃脫了，但失去了壹只手臂。後來他從宇宙峽谷村的老學者Buckenhagen那裏得知，魔晃的真正屬性是壹種類似於星球之血的東西，如果過度提取會危及整個星球的生命，於是他和壹些誌同道合的人成立了壹個反神組織“雪崩”，專門摧毀他們的魔晃設施。
在接受了雪崩的雇傭後，克勞德在壹次行動中認識了愛麗絲，並被這個神秘的女孩深深吸引，而愛麗絲也因為克勞德表現得像艾薩克而開始關註他。當克勞德得知神羅公司的人想要抓愛麗絲時，他承擔起了保護愛麗絲的責任。他們去尋找“雪崩”組織的時候，碰上了沈洛對“雪崩”的圍剿。克勞德、蒂芙尼和巴雷特僥幸逃脫，組織其他成員全部遇難，而愛麗絲則救出了巴雷特的養女瑪裏琳，換取了自己。
克勞德等人沖進神羅大廈營救愛麗絲，卻意外遇到以為自己已經死了的薩菲羅斯，血洗神羅總部。總統沈洛被殺，他的兒子魯弗斯接任總統。最終逃脫的克勞德等人離開了魔晃城，開始尋找薩菲羅斯的蹤跡。
後來，他們遇到了赤紅十三、尤菲、席德和其他夥伴，被改造後壹直睡在波爾海姆地下室的文森特也加入了他們。在Buckenhagen等人的指引下，他們找到了被封印的黑魔石，但就在這時克勞德的意識被薩菲羅斯操縱，將黑魔石交給了薩菲羅斯。愛麗絲覺醒到自己作為塞特拉後裔的使命，於是前往遺忘之城祭壇發動極白魔法——神聖，卻在發動儀式上被薩菲羅斯殺死。
失去愛麗絲的克勞德發誓要向薩菲羅斯復仇。他和他的朋友在大洞裏找到了薩菲羅斯，但被他操縱了。黑魔法發動，克勞德掉進了生命之泉。
Tifa和其他人在Sid的夥伴的幫助下逃脫了。他們乘坐壹艘會飛的船尋找克勞德，在壹個小鎮上找到了克勞德。蒂法幫助克勞德找回了記憶，並揭示了克勞德被操縱的原因:神羅進行人體改造實驗時植入人體的Genova細胞具有控制人類精神的能力，克勞德被它們控制忘記過去，他的精神被薩菲羅斯操縱。
重新找回自我的克勞德和他的朋友們再次踏上旅程。經過多次努力，他們終於找到了躲在大洞深處的薩菲羅斯，並打敗了他。隕石危機最終在“神聖”和生命之泉的雙重作用下得以化解，世界恢復了和平。