廈門博物館始建於1983年，於1988年正式對外開放。老博物館位於鼓浪嶼的八卦樓。
2006年6月，經廈門市委組委會批準，鄭州成功紀念館和廈門文化遺產保護中心並入廈門博物館。如今，廈門博物館由廈門博物館正廳、鄭成功紀念館、廈門經濟特區紀念館、廈門文化遺產保護中心、思明越獄陳列館、陳化成紀念館、陳省身故居等組成。是全民所有制的事業單位。
2007年，新館遷至廈門文化藝術中心，位於廈門市思明區體育路95號。新館建築面積25300平方米，展覽面積9597平方米，倉庫面積2800平方米。就建築面積比而言，新博物館是舊博物館的六倍大。
廈門博物館還致力於收集、保護、研究和展示閩臺傳世珍貴文物，宣傳文物政策，普及文物知識，弘揚中華民族傳統文化，利用博物館直觀展品進行愛國主義教育。
2065438+2008年9月，廈門博物館被中國博物館協會批準為國家二級博物館。