正處級，下設法規室（副處級）、文秘科、辦公自動化管理科，履行綜合行政、政策法規、政務信息化等管理職能。
1.協助關領導處理日常事務，協調關內各部門工作；
2. 負責信訪綜合管理工作和重要接待事務的協調管理；
3. 總關機關值班工作及關區保密、安全、保衛的職能管理；
4. 歸口管理關區的外事工作，負責外事聯絡和外事接待工作，並負責辦理本關組團出國任務立項手續；
5. 負責關區政務信息工作及對外宣傳工作；
6.研究省內口岸開放、規劃管理工作，承辦省內非口岸區域臨時開放審批工作和口岸單位的聯系協調事務；
7. 監督、檢查和指導關區貫徹執行國家和海關總署的方針政策、法律、法規及各項業務規定的情況；
8. 負責重大行政行為的預審、備案、跟蹤與管理，就關區重大事項決策提供政策法律咨詢，協調處理對外法律事務和宣傳咨詢；
9. 負責行政申訴、行政復議、行政訴訟和行政賠償工作，
10. 指導監督本關區知識產權海關保護工作，承辦涉嫌侵權案件的調查處理以及侵權貨物的處置；
11. 組織貿易管制政策的執行及監督管理工作，開展貿易管制措施執行方面的風險分析工作；負責關區軍品出口的管理工作 正處級，下設關稅科、加工貿易管理科，履行關區稅收征管、保稅加工和保稅物流的管理職能。
（壹）稅收征管
1.審價管理職能
制定和調整關區二級價格風險參數；辦理和上報價格專業認定；指導和服務各業務現場審價；實施對本關區進出口貨物的價格後續跟蹤核查。
2.歸類管理職能
組織實施總署歸類工作規章制度和歸類決定，就商品歸類工作提供技術指導和監督，研究處理商品歸類疑難問題，必要時實施專業認定；受理預歸類申請並作出預歸類決定。
3.原產地管理職能
研究組織協調關區內原產地標準的實施和專業認定。
4.減免稅管理職能
組織管理關區特定減免稅審批，承擔減免稅貨物的後續管理審批工作。
5.其他稅收征管職能
辦理滯納金減免申請的審批或轉報手續，辦理政策性退稅的復核和轉報手續；
負責本關區商品化驗送檢、鑒定執行情況的監督、反饋；
負責關區涉案走私、違規貨物偷漏稅款計核管理；
組織配合國務院整車特征核定辦公室開展關區整車特征核定；
負責關區稅款網上支付推廣實施工作；
負責進口軍品的審批管理工作。
（二）保稅監管部分
1. 組織對關區內保稅加工和保稅物流業務實施海關監管，並對監管工作情況進行檢查、監督和評估；
2. 協調跨關區保稅監管業務；
3. 按規定核定和適時調整本關區內保稅加工企業料件單耗、損耗標準；
4. 負責指導保稅物流中心、出口加工區等特殊保稅監管區域或場所的設立、審核、變更及運行工作。 正處級，下設物流監控科、選擇查驗科，履行物流監控、查驗管理、通關管理和行郵物品監管的職能。
1.負責組織協調和監督指導有關進出口貨物監管查驗、通關管理、物流監控和行李郵遞物品監管等行政許可項目的實施工作，研究制定關區相關業務的具體操作規範；
2.負責關區口岸及監管場所的職能管理工作，組織對設立各類海關監管場所或在非口岸地點設立海關臨時監管點進行審核和驗收；參與口岸開放驗收；
3.負責關區進出口貨物查驗職能管理工作，組織實施對監管場所、運輸工具、貨物物品的實際查控和查驗工作；
4.開展關區通關監管風險分析預測；負責關區查驗查獲工作分析評估；
5.負責關區進出口貨物通關工作的職能管理；
6.負責關區實施便捷通關措施企業的審核報批管理工作；組織實施敏感物項出口管制的快速查控及通關突發事件的處置；
7.負責關區轉關運輸及艙單的職能管理；
8.負責關區超期未報貨物、直接退運貨物和暫時進出口貨物的審核報批及職能管理工作；
9.負責關區監管設備的職能管理工作，組織實施監管技術設備需求的審核上報和總署下撥監管技術設備的使用管理；
10.負責關區進出境行李郵遞物品監管的職能管理工作；組織研究協調和監督指導關區行郵監管業務的開展；
11.負責關區外國駐華使領館和國際組織駐華機構及其人員、外國駐華常駐商務機構和非居民長期旅客進出境車輛和公私用物品，中國駐外外交、商務機構及其人員和其他長期出國人員進出境車輛及公私用物品的審批及備案登記事項；
12.負責關區涉外展覽、演示、會議及文化、體育、科技交流等活動暫時進出境物品的審核報批管理；
13.負責關區進出口貨物監管通關和行郵物品監管工作的檢查、監督、指導；組織開展對有關作業的監控、審核和績效分析評估；
14.負責監管通關和行郵物品監管作業改革項目業務和技術方案、通關方式、作業流程等的研究論證、組織協調、研發推廣等工作；
15.負責辦理其它與進出口貨物監管通關和行郵物品監管職能相關的工作。 正處級，履行審單作業與審單職能管理職能。
1.負責組織協調和監督指導有關進出口貨物申報、審單作業、審單職能和單證管理等規章制度及相關行政許可項目在本關區的實施工作，研究制定本關區相關業務的具體操作規範；
2.負責審單作業的通道管理，對關區電子審單、相關輔助決策參數進行維護；
3. 負責進出口報關單申報職能管理，協助對報關員進行申報考核；組織實施報關單填制規範管理；
4. 負責審單作業、現場接單審核和稅費征收過程中的疑難問題專業認定以及職能部門監控聯系事項的集中提交、分發處理與反饋管理，並根據職能部門的專業認定決定進行處理；
5. 負責關區滯報金、保證金、保函的職能管理，按照規定權限辦理滯報金減免和保證金、保函申請審核、審批和轉報手續；負責受理、辦理關區非政策性退補稅的申請審核、審批和轉報手續；
6. 負責組織協調指導關區報關單證明聯等的出證管理；
7. 負責辦理其它與審單作業職責和管理相關的工作。 正處級，下設統計科，履行貿易統計、業務統計和統計分析監督職能。
1.執行海關統計制度和海關業務統計制度，編制本關區進出口貿易統計和海關業務統計；
2.負責關區統計數據庫數據審核、上報和維護、管理；
3. 匯總、審核、編制進出口貿易統計，開展海關業務統計分析，對本地區進出口運行狀況、重點敏感商品進出口動態、加工貿易和保稅倉庫進出口貨物流動情況及國家有關貿易管制措施的執行情況等進行動態監測及預警分析；
4. 實施統計監督，開展業務數據監控分析、宏觀風險分析和執法評估分析；
5. 管理和發布本地區進出口貿易統計資料，管理和提供海關統計咨詢服務；
6. 監測本省進出口貿易運行狀況，撰寫進出口統計分析報告和海關業務統計分析報告；
7.開展統計業務培訓。 正處級，下設壹科、二科，履行稽查、企業管理職能。
（壹）稽查工作
1.行使行政執法權，負責制定關區年度稽查工作重點和工作計劃，監督、檢查、指導關區稽查工作；
2.開展壹般貿易貨物的稅後稽查、加工貿易貨物的核銷後稽查、減免稅貨物的審批後稽查工作；
3.開展以規範企業進出口行為為目的的常規稽查，引導企業守法自律；
4.負責組織和實施總署下達的專項和常規稽查任務；
5.負責組織、指導、協調、檢查全關區的專項稽查工作及聯合行動；
（二）企業管理
1.負責對報關單位的登記註冊、異地備案、變更、註銷等工作的職能管理；
2.負責對報關員註冊、備案、變更、註銷、吊銷等日常工作的職能管理；
3.負責實施對報關員從業資格處罰的規章制度並檢查落實；
4.負責建立、維護關區信用企業檔案數據庫，對企業實行信用管理；
5.負責關區企業分類管理工作，承擔企業分類管理委員會辦公室工作；
6.負責實施對報關單位和報關員的風險布控；
7.負責“信用安徽”建設海關有關工作。 正處級，下設風險管理科、風險分析科，履行風險分析、風險管理職能。
1.根據總署制訂的風險管理工作制度，制訂相關工作規範、細則並組織實施，指導協調關區風險管理工作開展；
2.承擔總關風險管理委員會辦公室工作，研究制訂關區風險管理的工作規劃、管理辦法、工作制度和實施方案，並組織實施；
3.負責指導、檢查和協調關區風險信息工作，管理風險信息的發布；
4.負責關區風險管理平臺管理、維護工作；
5.組織和協調開展風險分析監控與研究，提出階段性風險管理的工作重點和具體措施；
6.研究和組織開展企業或行業守法測量、商品風險測量，組織和協調各有關部門開展針對特定企業的守法評估工作； 副廳級，下設辦公室（正處級）、政治處（正處級）、偵查處（正處級，下設偵查壹科、偵查二科、查私科）、法制處（正處級，下設審理科）、情報技術處（正處級）、督察處（正處級）、蕪湖海關緝私分局（正處級，下設辦公室、偵查科、法制科），負責關區反走私綜合治理工作和涉嫌走私犯罪案件、行政違法案件的辦理。 1.研究提出關區打擊走私工作計劃並組織實施，負責關區反走私形勢分析工作；
2.管理和指導關區刑事執法工作，查辦管轄範圍內的走私犯罪案件；
3.管理和指導關區行政案件查處工作，查辦管轄範圍內的行政案件；辦理對緝私部門具體行政行為的申訴案件；
4.受理管轄範圍內的刑事賠償案件、刑事申訴案件；管理、指導和辦理緝私部門治安處罰及其復議、應訴工作；
5.負責開展和歸口管理關區緝私情報工作；
6.負責關區緝私警察隊伍管理、裝備管理、警務督察、紀檢監察等工作；
7.承擔安徽省打私領導小組辦公室工作，負責關區反走私綜合治理日常工作；承擔對各地、各部門及海關系統反走私綜合治理的組織、指導、協調、監督、檢查工作；組織推動與有關部門、行業協會、大型企業簽訂反走私綜合治理合作諒解備忘錄工作；
8.負責關區禁毒、整頓和規範市場經濟秩序（知識產權除外）、掃黃打非、反假幣工作。 正處級，下設通關運行科、網絡通信科，履行關區科技工作的管理職能。
1.負責通關作業及海關其他業務信息化管理系統、跨部門（關區）聯網項目的運行管理、技術保障和安全管理工作；
2.保障網絡通信系統的正常運行，並實施安全管理；
3.負責關區科技項目的規劃和管理工作；
4. 負責信息系統安全管理工作；
5.編制關區科技設備、科技經費需求計劃，制定設備采購及分配方案。 正處級，下設綜合科、經費管理科、稅費管理科，履行財務管理職能。
1.負責擬訂本關區經費(含緝私局經費)收支、稅費上繳、基本建設和固定資產以及罰沒物品管理的綜合規劃、各項財務管理制度和辦法，並組織實施；
2.負責審核、編報和匯總關區各項經費預算、決算和會計報告；負責申報、分配、調度和管理各項經費預算；
3.負責各項稅費、罰沒收入以及未結案變價款、保證金、抵押金、風險保證金的財務管理、繳庫核銷和會計核算；負責關區各項行政事業性收費和票據管理；
4.負責關區固定資產的計劃申報、分配和處置工作，並進行本級固定資產核算和固定資產的清查工作；
5.負責關區國庫集中支付工作；
6.負責本級緝私警察經費的財務管理和會計核算工作；
7. 負責監督、檢查、指導隸屬海關和下屬事業單位的財務工作；
8. 負責本關罰沒財物的保管和關區罰沒財物的變賣、處置工作； 正處級，下設人事科、工資教育科，履行幹部人事管理和教育培訓管理職能。
（壹）幹部人事管理職能
1. 負責貫徹實施海關系統國家公務員和其他工作人員管理辦法，提出相應措施並組織實施；
2. 負責按幹部管理權限辦理選拔、考察、考核、任用各級領導幹部和非行政領導幹部事項；
3. 負責關區海關機構、編制等管理工作；
4. 負責編制年度公務員招錄和海關院校招生計劃，組織、實施公務員考錄工作；
5. 負責辦理各類人事調動、軍隊轉業幹部的安置及院校畢業生派遣手續；
6. 負責落實海關總署專業技術人員的管理辦法，組織專業技術人員技術職稱、任職資格評審推薦工作；
7. 負責貫徹執行國家、地方和海關總署有關工資福利政策；
8. 負責辦理海關公務員和工勤人員的離休、退休、退職等審批手續，負責合肥海關機關離退休幹部和職工的日常管理；
9. 負責海關工作人員因公、因私出國的政審、報批工作以及國家安全教育的相關工作；
10. 負責研究解釋有關幹部人事管理政策問題，接待和處理人事工作方面的來信來訪；
11. 負責受理公務員考核、升降、處分、辭退和勞動爭議的復議、復核事項；
12. 負責按照《海關關銜條例》，組織實施海關公務員關銜評定、報批、調整和授予工作；
13.負責與省及合肥市組織、人事部門的聯系溝通，負責合肥海關計劃生育領導小組辦公室工作。
（二）教育培訓管理職能
1.負責研究制定教育培訓計劃，監督、檢查、指導、協調、組織開展教育培訓工作；
2.負責組織關區報關員資格全國統壹考試以及報關員考前培訓工作，承擔報關員資格考試領導小組辦公室工作。
機關黨委辦公室
正處級，履行政治思想教育管理職能。 正處級，履行關區紀檢、監察、督察（審計）工作的管理職能，與駐署紀檢組、監察局、總署督察內審司對口。
（壹）行政監察職責
1. 協助關黨組組織協調本關的黨風廉政建設和反腐敗工作，檢查、指導下級單位黨風廉政建設責任制的執行情況；
2. 監督、檢查本關各單位、黨員和工作人員執行黨和國家路線、方針、政策和上級決議情況；
3. 監督、檢查本關各單位貫徹落實黨風廉政建設責任制情況、關（警）務公開情況，以及黨員和工作人員廉潔自律、遵紀守法的情況；
4. 負責受理、初核涉及本關各級黨組織、黨員違反黨紀和行政監察對象違反政紀的舉報、投訴，受理黨員和行政監察對象不服處分的申訴；
5. 開展預防職務犯罪工作和廉政教育工作；
6. 負責糾正本關帶有海關行業特點的不正之風的工作；
7. 開展行政監察；
（二）督察（審計）職責
1. 指導、協助有關部門建立健全本關及隸屬海關經濟活動內部控制制度，並有效進行監督、檢查和評估；
2. 對本關各部門及隸屬海關行政執法和財政財務收支活動進行常規督察和專項督察並做出督察報告；
3. 對海關經費、預算外資金、查私辦案費、稅費征管、罰沒收入、基建、專項經費、外匯等財政、財務收支情況進行審計及專項審計調查，並做出審計報告；
4. 組織開展隸屬海關關長任期經濟責任審計工作；
5. 聯系、組織、協調接受外部審計事宜，向上級督察部門報告外部審計情況，組織本關及隸屬海關落實執行審計署的《審計決定》。 正處級，下設綜合科、通關科、監管科、核銷科，負責辦理轄區(合肥、六安、淮南、巢湖、滁州)內進出口貨物、物品、運輸工具、轉關貨物的申報、驗放和實際監管手續，辦理加工貿易備案、核查、核銷業務，開展進出口減免稅備案、審批和後續管理，可開展屬地調查、稽查業務，辦理業務範圍和權限與各隸屬海關基本壹致。
1.負責對類海關監管場所進行實際監管；辦理轉關貨物報關、接單審核/征收稅費、放行及核銷手續；
2.辦理企業加工貿易合同備案、中期核查、保稅貨物異地加工、結轉（調撥）審批手續、後期核銷等業務；
3. 辦理各類駐華機構和港澳臺機構及其人員進出境公私物品、暫準進出境物品、友好往來贈送物品進出境審核、驗放手續；
4. 辦理進出境行李、郵遞物品和相關海關監管業務；受理免稅外匯商品經營單位進貨申請，並辦理物品入出庫監管和核銷手續；辦理出入境旅客在免稅商店購買物品的征、免稅驗放手續；
5. 受理轄區內企業、報關員海關註冊申請和審核；受理轄區內運輸企業承運海關監管貨物業務的申請和設立海關監管場所的申請，並辦理有關手續，負責日常管理；
6. 受理轄區內企業（單位）進出口貨物減免稅申請，並負責辦理有關手續；
7. 可開展屬地業務的調查和稽查；負責轄區內走私違規案件的稅款計核工作；
駐駱崗機場辦事處
正處級，負責合肥市駱崗機場的客、貨運海關監管業務。 中國電子口岸數據中心合肥分中心、合肥海關機關服務中心、合肥海關黃山教育培訓中心等合肥海關下屬事業單位的職責分工另行規定（見《合肥海關下屬事業單位職責分工規定》）。
安徽海關學會、安徽報關協會籌備組等合肥海關主管的社會團體的職責按照海關總署有關規定，並參照中國海關學會、中國報關協會的章程和相關規定，通過制定本會章程確定。