2015年9月30日，湖南省人民檢察院依法以涉嫌濫用職權罪、受賄罪對湖南省委原副秘書長馬勇決定逮捕。
2015年10月8日，湖南省人民檢察院依法對中***湖南省委原副秘書長、益陽市原市委書記馬勇（正廳級）以涉嫌濫用職權罪、受賄罪決定逮捕。案件偵查工作正在進行中。 2016年1月29日，據郴州市人民檢察院消息，湖南省委原副秘書長、益陽市委原書記馬勇涉嫌濫用職權罪、受賄罪壹案，經湖南省人民檢察院指定管轄，由郴州市人民檢察院向郴州市中級人民法院提起公訴。
檢察機關指控：被告人馬勇在擔任益陽市委書記、益陽市市長期間，違反土地出讓金管理和中央財政專項資金管理等相關法律法規，濫用職權，致使國家利益遭受重大損失;利用職務便利，接受他人請托，為他人在項目建設、土地拆遷、稅費減免、消防驗收、工程款結算、職務升遷等事項上謀取利益，或幹預司法活動，單獨或***同非法收受他人財物，數額特別巨大，依法應當以濫用職權罪、受賄罪追究其刑事責任。
2016年2月2日，最高檢察院發布消息，湖南省委原副秘書長馬勇（正廳級）涉嫌受賄罪、濫用職權罪壹案，已由湖南省郴州市檢察院向郴州市中級法院提起公訴。
經過偵查，檢方最終指控馬勇涉嫌受賄罪、濫用職權罪。馬勇被控利用職務之便，為他人在項目建設、土地拆遷、稅費減免、消防驗收、工程款結算、職務升遷等事項上謀取利益，以及幹預司法活動，單獨或與妻子***同非法收受他人財物。所收受的財物包括93萬元人民幣、2.3萬美元、38萬港幣、1萬歐元、4708.33克黃金，以及壹只伯爵牌白色女表和壹對雷達牌白色情侶表。上述錢物總計折合人民幣310余萬元。
馬勇所涉嫌的受賄罪事實中，向他行賄的***14名個人及壹家公司。在這14人中，絕大多數為當地企業家，其中包括了湖南艾華集團股份有限公司負責人王安安。除了前述企業家，益陽兩名官員為了職務升遷，也向馬勇行賄。其中包括2015年8月初落馬的沅江市市長肖勝利。另壹名官員則為大通湖區區長梁成立。《財經》記者查閱大通湖區政府官網發現，梁成立目前仍擔任大通湖區委副書記、區長。 2016年3月29日，經湖南高院指定，郴州中院公開開庭審理了被告人中***湖南省委原副秘書長馬勇涉嫌犯濫用職權罪、受賄罪壹案。
郴州市中級人民法院網當天公布了庭審情況。庭審從上午8點30開始，經過法庭調查、法庭辯論、被告人最後陳述等法定程序，於當日11時40分休庭，由於該案有關證據較多、案情重大，法庭將依法擇期宣判。
根據檢察機關指控，被告人馬勇在擔任益陽市人民政府市長期間，濫用職權違法決定返還578.85萬元土地出讓金，在擔任益陽市委書記期間，濫用職權造成中央財政專項資金360萬元被用於支付企業欠款，致使國家利益遭受重大損失。2007年至2013年期間，被告人馬勇利用擔任益陽市人民政府市長、益陽市委書記的職務便利，為他人謀取利益，單獨或夥同其妻子李萬新(另案處理)非法收受單位或個人所送財物，數額特別巨大。被告人馬勇犯數罪，應以濫用職權罪、受賄罪追究其刑事責任。