問題1:答:乙方的損失不由施工單位承擔。《建築法》和《建設工程質量管理條例》都對建築工程的竣工驗收作出了相關規定，竣工驗收合格後方可交付使用。未經驗收或者驗收不合格的，不得交付使用。建設單位為了提前取得投資效益，在工程竣工驗收前提前投入生產或者使用工程的，建設單位應當對由此產生的質量問題承擔責任。因此，乙方的損失不應由施工單位承擔，而應由違法施工單位承擔。
問題2:答:對於損失首先要明確責任。如果屋面漏水，如果施工單位的屋面防水施工已通過驗收，雖然單位工程未竣工驗收，但應承擔該部分工程質量問題造成的損失，否則不承擔責任，由施工單位承擔責任。(註:問題2的責任分析沒有找到可靠依據，供參考，請指正。)