醫院由院本部、香蜜湖分院、肛腸分院、第三分院、24個社康中心及3個醫務所組成。 院本部設有門診和住院部。
住院部有內科壹區（內分泌、呼吸、腎內、中醫）、內科二區（神經內科、消化內科、血液腫瘤）、內科三區（綜合病區）、內科四區（心血管）、外科壹區（神經外科、泌尿外科）、外科二區（普通外科、心胸外科）、外科三區（骨壹、骨二）、外科四區（肛腸科）、婦產科、兒科、新生兒科、中醫科、耳鼻咽喉科、眼科。 醫院設有賓館式住院部，設置400張病床。各病房設有電視、空調、衛生間，中心供氧，高級病房配備了冰箱、電話、沙發。開設了心腎實驗室、基因實驗室、內分泌實驗室等臨床科研基地。
門診部設急診、內、外、婦、兒、中醫、口腔、眼、耳鼻咽喉、針灸理療、美容、皮膚等科室，內科門診分設心血管、內分泌、腎臟病、消化病、神經疾病、呼吸疾病、風濕病、血液病、腫瘤等專科，外科門診設心胸、腹部、肝膽、泌尿、骨科、肛腸科、男性學、不孕癥、疼痛等專科，大部分由高級專家應診，日門診量近2000余人次。並設有血液凈化中心、碎石中心等。急診24小時應診，由急救醫學專家應診，並擁有壹支訓練有素的急救隊伍。由於重視人才培養與引進，提倡科技興醫，業務水平日益提高，搶救成功率達90%以上。在心血管內科、內分泌科、腹部外科、肝膽外科、胸外科、耳鼻咽喉科、顱腦外科、小兒新生兒科、血液凈化、以及異體骨移植等有極高的聲譽，深受病人好評。 香蜜湖風濕病專科分院是深圳市第四人民醫院(福田醫院)的壹所國有公立風濕病專科分院，也是廣東醫學院的風濕病研究所及風濕病學科碩士研究生培養基地，集科研、教學、醫療、預防、康復、社康服務為壹體的大專科小綜合型特色醫院，是深圳市醫學會風濕病專業委員會成立的“深圳市紅斑狼瘡病友會”和“深圳市關節炎病友會”病友的活動交流基地，是深圳市醫療保險定點醫院。
香蜜湖風濕病分院是具有風濕病綜合治療特色的華南地區首家風濕病規模大、實力強、起點高、水平高的專科醫院。醫院對系統性紅斑狼瘡、類風濕關節炎、血管炎、皮肌炎、痛風、強直性脊柱炎、骨關節炎、脊柱關節病、結締組織病和骨質疏松等風濕免疫性疾病的診療技術，達國內先進水平。風濕病住院和門診病人量在市內遙遙領先並不斷增加。特診病人數占專科門診20%，病人主要來源為區外，其余有來自市外13%、省外9%、港澳臺及國外8%。現在已發展成為具有核心競爭力和服務優勢的知名品牌專科分院。
擁有全國壹流的風濕免疫學重點實驗室，具有國際先進設備，學科設置完備、儀器設備先進。風濕專科病床數量在全省排名第壹，目前全市唯壹獨立的風濕專科實驗室具有國際先進水平儀器設備的比例為93.93%，為學科發展提供了強有力後盾。采用美國的檢驗試劑和檢測標準，檢測項目齊全、方法先進、結果可靠。
開設了紅斑狼瘡治療中心、關節炎治療中心和兼有康復、理療、體療、藥浴等綜合治療措施的中西醫結合治療中心。風濕病專科已經在2005年由深圳市衛生局專家評審成為深圳市醫學重點專科。
綜合科門診目前設有骨科、創傷外科、普外科、婦科、皮膚科、內科、小兒科、眼耳咽喉科、口腔科、預防保健科、體檢科等等。各專科均有豐富臨床經驗的專家每天坐診。 深圳市第四（福田）人民醫院肛腸分院是目前深圳市唯壹的壹家公立肛腸專科醫院。是廣東醫學院的附屬醫院、中山大學教學醫院、陜西中醫學院教學醫院、肛腸外科碩士研究生培養基地。
肛腸分院由三大肛腸專科病區、專病門診、基礎臨床功能檢查中心、肛腸功能檢查中心，專科制劑室、肛腸外科研究室、信息部等相關輔助部門組成。病房設置72張床位，裝修豪華，明亮整潔，設有高、中檔病房。分院的整體規模大，技術力量雄厚，設備先進，環境舒適，在國內首屈壹指。
肛腸分院在政府和上級的大力支持下引進設備，引進人才，加強肛腸外科學科建設。分院擁有經肛門直腸顯微手術系統、結直腸內鏡系列設備，肛管直腸測壓系統，肛門直腸生物反饋治療系統，手術攝像監控系統，局域網絡化管理系統；國內著名肛腸外科專家李壹兵教授擔當學科帶頭人，建立了國內壹流的學術團隊；建立研究生培養基地，加強臨床科研工作，多項臨床診療技術在全國處於領先地位；強化服務理念改善業務流程，用最佳的技術服務於廣大肛腸病患者。
該院目前是我國最大的肛腸外科門戶網站“中華肛腸外科網”的主任委員單位，已經成為我國東南地區獨具特色的中西醫結合的現代肛腸外科專科醫院。 深圳市福田區人民醫院第三分院是壹所集醫療、教學、防保、康復為壹體的綜合性、非營利性國有醫院，是醫療保險定點醫院。
醫院設有內科、外科、婦科、兒科、皮膚科、過敏反應科、耳鼻咽喉科、眼科、中醫科、康復理療科、體檢科、預防保健科、上林社康中心、職業健康檢查科、藥物維持治療門診，並有檢驗科、放射科、B超室、心電圖室、TCD室、中西藥房等醫技科室，擁有目前先進的生物***振過敏治療儀、全套數字式電子內鏡手術系統、電子胃鏡、電子陰道鏡、自凝刀治療系統、LEEP刀、彩色B超、24h 動態血壓分析系統、24h動態心電圖分析系統、經顱多普勒腦血流儀(TCD)、全自動生化分析儀、五分類全自動血球分析儀、全自動血流變儀、全自動血凝儀、全自動化學發光儀、超聲骨密度儀、數字化X光透視攝影系統等壹系列大型醫療設備。並能與總院先進的醫療技術和醫療設備實行資源***享，可及時為患者提供專家會診、雙向轉診等服務，能夠很好地滿足周邊居民的基本醫療和公***衛生服務的需要。 深圳市福田區人民醫院現***計開設社康中心21個，各社康中心實行保健為主，保健和醫療相結合，以社區為服務半徑，立足社區，面向群眾，面向家庭，為社區居民提供健康促進、衛生防病、婦幼保健、老年保健、慢性病防治、疾病診治、計劃生育技術指導等六位壹體的社區健康服務，致力於提高居民的生活質量和整體健康水平。自開辦以來，不斷完善“六位壹體”功能，贏得社區居民的普遍認可，深受社區居民歡迎。
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