早在18世紀末，中國和沙俄雙方邊民就在此開始貿易往來，後來成為我國於沙俄和歐洲各國進行貿易的壹個較大口岸。
1851年，清朝政府於沙俄政府簽定的《中俄伊犁塔爾巴哈臺通商章程》，標誌著塔城對俄 (蘇)官方貿易的開端，開放時期，其貿易量是較大的。
由於歷史的原因，巴克圖口岸在十月革命勝利初期和60年代中蘇對峙等時期幾經關閉和開放，可謂歷經多次滄桑磨難。
1989年，國家批準塔城市為開放城市，1990年10月20日，巴克圖口岸臨時開通。沈寂了30年的巴克圖口岸開始逐步恢復了生機。1992年，塔城市被國務院批準為沿邊進壹步開發城市，巴克圖口岸正式對外開放。1994年3月14日，又被國家批準為壹類口岸；1995年7月1日，口岸正式宣布對第三國開放，成為新疆三個向第三國開放的壹類口岸(霍爾果斯口岸、阿拉山口口岸、巴克圖口岸)之壹。1993年和1994年，分別開通了塔城市至哈薩克斯坦阿亞古茲市和烏卡市的國際客運班車。
巴克圖口岸是新疆離城市最近的口岸，也是距烏魯木齊市最近的口岸。口岸與塔城市經濟合作區相毗鄰，在塔城市至巴克圖口岸公路兩側的經濟合作區內，各具特色的建築群拔地而起，有建築風格新穎、內外裝修豪華的金穗園賓館、國際邊貿城、民航辦公大樓等。
在世界經濟逐漸走向壹體化的時代，在世界性的改革開放的潮流之下，將巴克圖口岸建成國際自由貿易旅遊區有十分重要的意義。
縱觀巴克圖口岸的發展歷史，尤其是上世紀90年代以來其飛速發展的現狀，巴克圖口岸已成為商貿、旅遊和與獨聯體國家及歐洲的經濟、文化交流、擴大地區對外開放的重要窗口。
古老的口岸，嶄新的現代化建築設施、神聖的國門，還有尤值壹提，矗立於口岸邊界上的寓意吉祥、生財之“158號界碑”及“偉人山”等，吸引著越來越多的中外遊客壹睹為快。