馬祖光為國防光電子技術發展鞠躬盡瘁，貢獻了自己畢生的心血，從不講條件。最初爭取來的實驗室用房是在學校電機樓地下室的壹個大倉庫。地下室陰冷潮濕，因激光設備怕潮，每天要用3臺吸濕器24小時不停地吸，每天能吸出好幾桶水。有壹次暖氣凍裂了，屋子裏全是水和汽，光學元件受損。馬老師撫摸著受損的儀器，心疼得掉了淚……
起初，辦公室也在電機樓，陰冷潮濕，別說有腰疼病的馬老師不適合，就是壹般人在那兒坐上壹天也是渾身冰涼。1992年，地下室內部分實驗室由“大倉庫”搬到了平房。大家都高興得不得了，把辦公室也搬了過去。可剛暖和幾天，實驗室的用房緊張，馬祖光就跟同事商量：咱們再回電機樓那個辦公室吧。於是，馬老師和同事們壹起又搬了回去。
1998年，哈工大的理學樓落成了，給激光教研室2500平方米。激光教研室集體搬入寬敞明亮的理學樓。大家希望把辦公室放在陽面，馬老師堅決不同意，非要把壹間陽面房間當資料室，另壹間陽面房間給客座人員。原校領導李家寶教授回憶起這段往事時，仍記憶猶新。那時馬祖光已經退居二線了，他生氣地與李家寶說起這件事，李家寶勸了他幾句，但倔強的馬老師始終不同意。最終，大家還是搬進了陰面的辦公室。
搬到理學樓後，安排馬祖光在重點實驗室學術委員會的辦公室，（馬祖光為學術委員會副主任，主任陳懷瑾在北京工作，不常來）並要裝修。他急了：“要是裝修，我就不進這個辦公室。”
後來，實驗用房又緊張，馬祖光就把自己這間辦公室做成了實驗室，和六位同事擠在壹間小辦公室裏。大家說太擠了，他說：“擠點好，熱鬧！”