工程質量案件涉及訴訟時效應註意的操作問題主要有：1、工程質量缺陷不適用“出售質量不合格的商品未聲明的”壹年的短期時效，而適用壹般訴訟時效三年。2、施工過程中出現的地基基礎、主體結構以及竣工驗收各階段的施工質量缺陷爭議，其訴訟時效自階段質量驗收發現缺陷或者階段質量驗收未通過時起算;如質量缺陷爭議已委托鑒定的，自鑒定單位出具鑒定意見後二年。3、工程交付使用後，發包人主張承包人的工程保修責任，訴訟時效根據工程不同部位的最低保修年限而定：工程壹般部位即壹般土建、裝修和管道工程的保修責任，訴訟時效為合同約定的不少於2年的保修年限後3年;工程重要部位即有防水要求的屋面、墻面、衛生間的保修責任，訴訟時效為合同約定的不少於5年的保修年限後3年;工程主要部位即地基基礎和主體結構的保修責任，訴訟時效根據工程設計的不同結構形式而定：農村的磚木結構為不少於設計年限30年後3年;城市的磚和混凝土結構為不少於設計年限50年後3年;城市的鋼筋混凝土結構為不少於設計年限70年後3年;城市的鋼結構房屋為不少於設計年限100年後3年。