與10線類似，9號線的裝修強調壹條線，壹個場景。大多數車站都是以標準化的方式設計的。天花板采用統壹規格的方形鋁板拼接而成，白色調搭配紅、黃、藍、綠等不同顏色。在白石橋南站和白堆子站，嵌在站臺頂棚和站廳的彩色鋁板是暖紅色，與周邊成熟地區的院落文化相呼應。
不過9號線軍事博物館站比較特殊，是重點裝修站。南北站被1線地鐵分成兩部分，所以是半個站廳，高大的白色拱頂上點綴著幾個天窗，簡潔莊重。軍事博物館站的風格與9號線其他車站完全不同，充分體現了地域特色，與軍事博物館的蘇式建築風格相呼應。石柱和石墻充分體現了莊嚴感。
在換乘站中，國家圖書館站、北京西站、郭公莊站可分別與4號線、7號線、房山線同站臺換乘。兩條軌道，無論是南行還是北行，共用同壹個島式站臺，實現“零距離”換乘。所有三個車站都有兩個並排的島式站臺。在國家圖書館站和郭公莊站，9號線采用兩條內軌。在北京西站，9號線采用兩條外側軌道。
9號線是中國首條節能示範地鐵線。除了列車的節能系統，車站還引入自動化系統，對系統設備進行提前幹預，減少設備不必要的損失。另壹方面，改進平臺的通風結構，實現通風空調節能。