北京南區口腔醫院總院位於朝陽區潘家園華威北裏24號樓。醫院有獨立庭院和內部獨立停車場，所有來看病的患者都可以免費停車。作為北京南部地區唯壹的口腔專科醫院，新院位於三環以內，二、三環之間。位置比較好，周邊交通也比較方便。全市患者均可持有效醫保卡直接前來就診，方便快捷，讓更多患有牙病的患者得到福音。
醫院擁有80個獨立診室，5個種植牙手術室，2個微創拔牙室，6個兒童專用診室，壹個現代化的正畸治療區。醫院擁有國內壹流的大型口腔放射科，配備全數字化口腔CT、口腔全景斷層掃描和牙科拍片設備。借助高科技醫療設備和數字影像系統，為患者提供非常準確的診斷影像數據。醫院的診室都配備了氧化亞氮鎮痛麻醉設施，讓患者看牙更舒服、更輕松、更享受。新醫院每層樓還配備了電梯和寬敞舒適的衛生間，更加方便了患者。
目前，北京市南區口腔醫院擁有200人的醫療團隊，大部分畢業於北京大學口腔醫學院、首都醫科大學、華西醫科大學、第四軍醫大學等國內知名高校。
北京市南區口腔醫院直屬的專業口腔診所有四家，分別位於潘家園、方莊、三元橋、團結湖。