（1）經營理念落後，產品缺乏品牌特色和文化內涵。農家生態旅遊的經營者文化素質普遍偏低，經營理念相對落後。目前，農家生態旅遊的經營主體是農民，因其文化素質不高，加之小農思想影響，使得農民的思維特征偏於實用理性，只註重自身經濟效益，卻無視社會經濟效益，對於農家生態旅遊的發展缺乏全局和長遠的考慮。
特色和品牌是吸引遊客的關鍵因素，農家生態旅遊開發的初衷，就是為了給城市居民提供壹種變換城市生活方式的環境，提供壹個認識農村的機會。而事實上，現在農家生態旅遊經營農戶的經營理念雷同化的傾向嚴重，品牌意識淡薄，旅遊產品文化含量低。提供的休閑旅遊產品內容單調，僅限於麻將、棋牌、卡拉OK等娛樂產品，缺乏品位和個性化色彩；對生態文化、鄉土文化、鄉村民俗等文化內涵沒有深入挖掘。遊客在旅遊活動中缺少健康的娛樂休閑項目和健身的參與性活動及文化的學習性活動。這就忽視了當代遊客的多元娛樂需求和追求健康雅致型消費方式的潛在需要，導致遊客消費方式呈現快進快出的淺層旅遊狀態，重遊率低，不能適應現代旅遊市場的需求。
（2）經營資金缺乏，缺少統壹規劃。現階段我國的農家生態旅遊經營大多以家庭為單位開展經營活動，所以在資金投入方面有壹定難度。由於業主前期投資較大，資金回收緩慢，而遊客品位要求越來越高，加之經營項目無特色，再投入乏力，久無變化，部分生意萎縮，甚至難以維持經營。
由於缺乏對地理位置、自身資源、本地政策、市場需求、基礎設施、鄉村民俗的調研，及對環境承載力的評估，導致經營農戶盲目投資上項目，所開發的旅遊產品沒有進行科學的可行性論證。有些地方在開發建設上脫離了樸素、自然、協調的基本原則，片面追求規模大和現代化，不僅脫離了農家生態旅遊的內涵，而且破壞了環境和諧，從而降低了旅遊吸引力。
（3）管理體制不健全，服務水平參差不齊。目前，農家生態旅遊尚未納入旅遊或工商部門的正式管理範圍之內，也未向稅收部門納稅，其開業、停業都較隨意，有些農戶為節約成本，找幾個“親戚”就開始經營，還有些根本不具備經營條件也就地開張。因此，壹些農家生態旅遊存在“宰客”現象，嚴重影響了農家生態旅遊的形象。
農家生態旅遊的開辦者大多是當地的農民，文化水平相對較低，他們沒有經過專門的業務培訓，服務意識和服務質量較差，整體接待水平較低。而遊客旅遊的壹個重要目的就是在娛樂的同時享受優質的服務，遊客在需求不能得到很好的滿足時必然會對農家生態旅遊大打折扣，從而不利於農家生態旅遊的長遠發展。農家生態旅遊雖然數量不少，但規模小，大多處於無序狀態，每個農家生態旅遊各自為戰，沒有統壹服務標準和服務理念，很難做大、做好、做強。
（4）基礎設施不完善，環境衛生質量不達標。農家生態旅遊開展地區壹般是市郊和農村地區，很多地方基礎設施建設滯後，影響了旅遊的開發。首先，交通問題突出。通往農舍的道路較差，交通不太方便。由於外地遊客對當地地理環境不熟悉，而又缺少明顯的指示牌，可進入性差。其次，休閑設施欠缺。很多農家生態旅遊休閑設施過於簡陋，缺少可供遊人舒適停留的設施，如樹蔭下的涼亭、坐椅、茶室等。再次，配套設施不齊全。醫療保健站、藥店、小超市、理發店等配套設施都還不健全。此外，供水、供電不足、排汙不暢、垃圾和生活汙水隨意排放，這些都影響了農家生態旅遊的可持續發展。
由於長期以來不良的衛生習慣及衛生基礎條件欠缺等原因，農家生態旅遊的衛生狀況不達標現象嚴重。據不完全統計，目前大部分的農家生態旅遊沒有衛生許可證和營業執照，從業人員沒有健康證，住宿和飲食環境衛生、安全存在嚴重的隱患。2004年廣西桂林農家生態旅遊中出現的80多名遊客群體中毒事件就是壹個例子。
近幾年，壹些地方對農家生態旅遊給予保護的政策，大量發展，特別是在連點成片地方的農家生態旅遊地區，隨著經營規模的擴大，帶來了壹系列的環境問題。以幾年前火爆壹時的松華壩片區農家生態旅遊為例，這裏地處昆明市飲用水源區，但是很多農家生態旅遊產生的垃圾仍用火燒，生活汙水也隨意排放，成為松華壩水質惡化的壹個重要原因。因此，對農家生態旅遊的衛生、環保狀況進行嚴格的監督管理勢在必行。
（5）宣傳力度不夠，促銷意識不強。大多數農家生態旅遊經營者市場促銷意識不強，缺乏主動宣傳和參加集體促銷的積極性。加之經營規模小而分散，與旅行社等服務機構聯系不密切，沒有形成較完整的宣傳營銷網絡體系，導致其資源和產品的知名度難以擴展，品牌效應難以形成。