旅遊、水利、海洋、海事、公安邊防等有關行政管理部門依法在各自職責範圍內對水上旅遊客運進行管理。第四條 主管部門會同發展改革及有關行政管理部門編制本市水上旅遊客運事業發展規劃，報市人民政府批準後實施。
水上旅遊客運經營水域的劃定，應當符合本市水上旅遊客運事業發展規劃。第五條 水上旅遊客運企業的開業、變更、增減運力和停業，應當依照國家有關規定辦理相應手續。第六條 水上旅遊客運船舶應當按照依法核定的經營水域、航線從事相應的運載服務。
本辦法所稱的水上旅遊客運包括：
（壹）在廈金海域運載遊客從事觀光遊覽的特殊旅遊客運；
（二）在特定水域運載遊客從事休閑娛樂的客運；
（三）其他普通旅遊客運。第七條 適航能力低於遮蔽航區或船齡超過25年的客船，不得從事特殊旅遊客運經營。第八條 根據水上旅遊客運市場發展狀況需要新增特殊旅遊客運船舶的，由主管部門制定新增運力計劃向社會公布，並采取招標方式投放。
新增特殊旅遊客運船舶的招標文件應當列明船型、船齡、船舶設施及特殊旅遊客運服務質量等要求。更新特殊旅遊客運船舶的，應當參加新增特殊旅遊客運船舶的招標；經依照本辦法進行特殊旅遊客運服務質量考核合格的，在同等條件下按招標文件規定予以優先更新。
主管部門根據水上旅遊客運市場發展狀況，可以制定有償投放特殊旅遊客運船舶的招標方案，報市人民政府批準後實施。第九條 水上旅遊客運船舶應當停靠在主管部門核定的客運碼頭，並與客運碼頭簽訂有效期在1年以上的碼頭停靠協議。
從事水上旅遊客運的船舶航班，應當報水路運輸管理機構備案並向社會公布。第十條 從事特殊旅遊客運船舶，通過與水上旅遊客運服務企業簽訂合同實行統壹管理。水上旅遊客運服務企業應當按照公平、公正、公開的原則，對從事特殊旅遊客運的船舶采取“按船、按序、按時“的形式進行排班調度，實現“統壹調度、統壹電子票務、統壹結算“，合理配置旅遊客運資源。第十壹條 水上旅遊客運價格的確定和調整，由水上旅遊客運企業報價格行政管理部門和水路運輸管理機構備案，並提前30日向社會公布。法律、法規另有規定的，從其規定。
提高水上旅遊客運價格的，應當按照規定給予旅行社組織的團隊旅遊者3個月的價格緩調期。第十二條 水上旅遊客運企業應當接受市旅遊行政管理部門對其進行的旅遊服務培訓。第十三條 水上旅遊客運企業應當按照國家規定，向有關行政管理部門報送行業統計數據。第十四條 客運碼頭、售票點等水上旅遊客運服務企業應當在核定的經營範圍內開展業務活動，不得為非法經營水上旅遊客運船舶提供客源配載等服務，不得向旅客收取運費差價及其他費用。
水上旅遊客運服務企業應當在其經營場所公布船舶航班時刻表、經營服務收費項目和收費標準。第十五條 水上旅遊客運船舶經營的文藝表演、茶座、食品煙草出售等附加項目，應當合法經營，不得強買強賣。第十六條 水上旅遊客運船舶應當在客艙醒目位置公布船名、船舶經營人及主管部門、市旅遊行政管理部門的投訴電話。第十七條 水上旅遊客運企業應當按照有關法律、法規的規定，保證船舶適航，配備安全設施，制定安全生產制度和重大安全生產事故應急與救援預案，設置並健全安全生產管理機構，加強對船員的安全教育和技術培訓，保障安全生產。
從事特殊旅遊客運船舶，應當配備安全管理人員，負責船上安全巡查。第十八條 在核定的特定水域經營休閑娛樂的客運企業，應當在經營水域布設航行標誌，在醒目位置設置安全警示牌，配備救生員及專用救生艇進行巡邏。
從事特殊旅遊客運企業應當遵守沿海船舶邊防治安管理有關規定。