第壹節加強四大重點生態功能區建設
若爾蓋草原濕地生態功能區。該地區地處黃河與長江的分水嶺，濕地泥炭層深厚，在黃河流域水源涵養、水文調節和生物多樣性維護中發揮著重要作用。針對該地區濕地排水、開墾和過度放牧造成的草地退化、沼澤萎縮、水位下降等主要生態問題，采取退牧(耕)還濕、填溝保墑、增加植被、禁漁等措施，加快濕地生態系統修復。
川滇森林與生物多樣性生態功能區。該地區擁有豐富的原始森林和珍稀野生動植物，是大熊貓、川金絲猴等重要物種的棲息地，在生物多樣性保護方面具有重要意義。針對該地區天然林退化、草原過度放牧、珍稀物種瀕危、水土流失、山地災害頻發等重大生態問題，重點加強天然林、濕地、草原等生態系統保護和修復，加強生物多樣性保護和自然保護區建設，加強山地災害防治、重點地區水土流失綜合治理和重大開發項目植被恢復。
秦巴生物多樣性生態功能區。這壹地區包括秦嶺、大巴山等北亞熱帶，以及亞熱帶與暖溫帶的過渡帶。這裏生物多樣性豐富，是許多珍稀動植物的分布區。針對該地區生物多樣性受威脅、水土流失、地質災害頻發等主要生態問題，重點加強森林和野生物種保護，減少森林采伐，恢復山地植被。
涼山州水土保持生態功能區與生物多樣性。這壹地區位於我國東部亞熱帶濕潤氣候與西部亞熱帶濕潤氣候的分界線上，以黃茅嶺為界，西鄰大涼山，東鄰小涼山。生物多樣性豐富，鐵、銅、鉛、鋅、鎳、磷等礦產資源豐富。針對該地區水土流失、地質災害頻發、生物多樣性受威脅等主要生態問題，重點加強小流域綜合治理和生物多樣性保護，加強山地災害防治，加大礦山環境整治和恢復力度。
第二節加強八大流域生態帶建設
以長江、金沙江、嘉陵江、岷江-大渡河、沱江及其主要支流、雅礱江、涪江、渠江為重點，正確處理資源開發與環境保護的關系，把資源開發與環境保護結合起來，堅持在開發中保護、在保護中發展，註重科學發展與有效保護同步。結合資源開發，合理規劃水域生態環境和水生生物資源保護，在重要水域建立水生生物保護區，防止水域荒漠化的發生。加強水土流失綜合治理，繼續實施退耕還林，大力營造沿河水土保持防護林，加強濕地生態系統保護和修復，遏制河流和濕地生態系統退化趨勢，加強泥石流溝、滑坡等山地災害防治，加大礦山和交通幹線生態修復治理力度，加強城市生態敏感區防護林建設，加快形成八大功能性水土保持生態帶。
金沙江流域生態帶。受印度洋季風氣候控制，金沙江沿岸幹熱少雨，坡度大，地質結構松散。此外，雨季降雨集中，持續時間短、降水強度大的局地暴雨成為滑坡、泥石流的激發因素。由於幹濕季節分明，植被生長受限，選擇耐旱、耐瘠薄的植物在幹熱河谷種植建設水土保持林、護岸林、護路林，控制水土流失。註重生物多樣性保護，加大金沙江沿岸汙染源控制力度，減少汙染總量。
雅礱江流域生態帶。雅礱江下切非常強烈，沿河山溝高差大，流域原始森林比例大，樹種優良，種源豐富；有大熊貓、小熊貓、白唇鹿、猞猁、角馬、丹頂鶴等多種珍貴動物。水和礦產資源豐富，是中國十大水電基地之壹。切實加強動植物保護，防止外來物種入侵；禁止不合理開發水資源和礦產資源，加強重大工程建設，治理和恢復生態環境。
長江流域生態帶。主要包括宜賓市、瀘州市、長江上遊帶狀區域。以保護長江上遊珍稀瀕危水生野生動植物、河流生態系統和水資源為重點，加強水土保持綜合治理和生態環境監測，加大石漠化和陡坡耕地治理力度，擴大綠化用地，發展城市綠化和立體綠化，加快長江兩岸植被恢復，保護鄉土物種資源，防止外來物種入侵造成生態破壞。加強長江上遊珍稀特有魚類保護，防治水汙染，減少汙染總量。
岷江-大渡河流域生態帶。包括岷江幹流和大渡河、青衣江的主要支流。加快災後自然生態系統恢復，減少滑坡、崩塌、泥石流等地質災害損失，減緩水土流失；加大環境綜合整治力度，減少水資源不合理開發利用，恢復流域生態系統；加強小流域水土流失綜合治理和天然林保護，提高岷江流域水源涵養能力，建設重要生態廊道，加快濕地和水產種質資源自然保護區建設，維護生物多樣性。加強對閩江航運梯級開發影響水域棲息地的綜合治理，科學建設閩江漁業通航和電力設施。
沱江流域生態帶。包括沱江幹流和主要支流沿岸地區。沱江流經德陽、成都、資陽、內江、自貢、瀘州等工業集中、人口密度高的城市，大力開展工業汙染源、生活汙水、農業面源汙染綜合整治，降低環境汙染程度；通過退耕還林和天然林保護工程，加強生態防護林體系建設，治理水土流失和地質災害，建設重要生態廊道，遏制生態惡化趨勢，修復水域生態環境。
涪江流域生態帶。涪江流經綿陽市和遂寧市，人口密集，農業發達。涪江以中低山丘陵為主，缺乏水土保持的自我調節能力，水土流失嚴重，生態脆弱。繼續實施退耕還林、天然林保護、水源涵養和水土保持等工程，大力開展荒山荒地造林、封山育林，加快濕地和水產種質資源自然保護區建設，提高森林生態功能和水生態系統平衡。控制人工采石、采砂、開荒、水利工程建設和新村開發對涪江沿岸植被的破壞。積極開展化工、食品、紡織、機電、冶金等行業節能減排。
嘉陵江流域生態帶。包括廣元市、綿陽市、達州市、南充市、廣安市沿海地區，嚴格控制嘉陵江流域新汙染產生，重點實施天然林保護、退耕還林、綠色通道、城鄉綠化壹體化、濕地保護等工程，加快灘塗濕地整治和恢復，大力修復魚道，改善水生生態環境，加大濕地和水產種質資源自然保護區建設，保護野生動物，建設重要生態廊道。積極推廣“花園經濟”發展模式，發展沼氣產業，完善水利水保設施，提高防洪排洪能力。
曲江流域生態帶。曲江流域包括巴中市、達州市、廣安市沿海地區，主要是低山、深丘、淺丘地區，是川東北的糧倉，也是森林、木材資源豐富的地區。它是我省自然濕地生態系統的重要組成部分。要保護曲江土著魚類水產種質資源及其棲息環境，改善曲江兩岸生態環境。搞好退耕還林、荒山造林、天然林保護公益林建設，加強水土流失和小流域綜合治理。
第三節加強點(塊)典型生態系統建設
以樂山大佛-峨眉山、九寨溝-黃龍、大熊貓棲息地等世界遺產地和現有自然保護區、森林公園、濕地公園、風景名勝區為支撐，加大野生動物保護和自然保護區建設力度，加快珍稀野生動物棲息地保護和恢復，加強濕地保護和恢復防治，積極培育典型森林景觀，合理開展生態旅遊，努力建設類型多樣、分布廣泛、功能齊全的點(塊)典型生態系統。
自然保護區。“十二五”期間，著力推進自然保護區由數量型向質量型發展，開展“建設標準化、管理數字化、管理規範化、社區現代化”建設，提升自然保護區保護管理能力。國家級自然保護區要達到規範化水平，逐步理順自然保護區管理體制，完善管理制度，加強涉及自然保護區建設項目的環境監督管理，建立健全自然保護區評價、考核和獎懲制度，促進管理水平的提高。合理規劃自然保護區發展規模，完善布局。通過新建、提升、調整範圍和功能區，形成類型齊全、布局合理、面積適宜、建設管理科學的自然保護區網絡。
水產種質資源保護區。按照相關漁業法律法規和《四川省水產種質資源保護區規劃》(2011—2020)，積極開展江河湖泊水產種質資源保護區建設，使各流域水產種質資源保護區均衡分布，保護四川特有經濟魚類的原物種資源。
森林公園。充分開發林業景觀資源，逐步完善基礎設施，發展生態旅遊，深入推進生態文化建設，提高接待和服務能力，形成壹批有特色的森林旅遊項目，促進當地經濟、社會和生態效益的良性循環發展，實現森林、野生動物和生態環境的保護。
濕地公園。以濕地景觀為主體，以濕地生態系統和珍稀物種保護為核心，兼顧濕地生態系統服務功能的發揮、科學研究和生態旅遊，促進濕地資源的保護和合理利用。
景點。加強風景名勝區和自然遺產的保護，完善風景名勝區的功能，提高風景名勝區的管理和服務水平，創造良好的社會效益和經濟效益。