1，目的地地區不壹樣。深圳邊境通行證是深圳的，港澳通行證是港澳的。
2，流程不同。深圳邊卡辦理時間快，可當場使用；港澳通行證需要提前7天辦理，不能當場辦理。
3.辦理邊防證後可以直接去深圳，需要辦理相應的簽註才可以通關。
4.辦理的條件不壹樣。壹般來說，辦理邊境證需要單位出具相關證明後，才能到指定的公安機關辦理；辦理港澳通行證時不強制要求單位出具證明。個人可持身份證、照片等材料向出入境部門提出申請。