1999年4月28日，根據省政府關於理順旅遊景區管理體制，政企分開的決定，撤消管理處，成立了“貴州黃果樹旅遊集團有限公司”。多年來，經過公司全體員工的努力，使黃果樹瀑布旅遊的品牌價值得到逐步提高，遊客總量逐年增加，為公司的進壹步發展壯大打下了良好的基礎。
2000年9月30日，根據貴州省委、省政府關於理順全省旅遊管理體制及貴州省人民政府第74次省長辦公會議精神，按照產權明晰、權責明確、政企分開、管理科學的現代企業制度要求，對黃果樹旅遊集團有限公司進行規範改制，召開首屆股東會，產生新的法人治理結構。
2009年1月，集團公司改制，正式更名為“貴州黃果樹旅遊集團股份有限公司”。規範改制後，黃果樹旅遊集團股份有限公司是由貴州省旅遊投資公司、安順市國資營運公司、關嶺縣人民政府和鎮寧縣人民政府正式履行出資者代表職責，行使公司的決策和經營管理權。重新成立的黃果樹旅遊集團股份有限公司在新世紀、新時期的主要任務是，以貴州省委、省政府關於理順全省旅遊行政管理體制的壹系列方針、政策為指導，以西部大開發為契機，深化企業內部改革，完善企業管理制度，最終使公司成為壹個符合社會主義市場經濟體制和現代企業制度要求的現代旅遊企業；進壹步加強對景區內的環境資源保護和開發利用，完善景區的服務設施，提高服務質量，以滿足遊客不斷提高的服務需求；內抓管理，充分發揮員工的主人翁精神，提高企業經營管理效率，向管理要效益；外拓市場，加強公司對外的宣傳力度，提高黃果樹在貴州省及全國的品牌效應，力爭實現公司銷售收入和企業稅利的雙增長。