國家和地方海事管理機構(以下簡稱海事管理機構)按照各自的職權，負責長江江蘇段和本省其他內河的船舶汙染監督管理工作。
縣級以上地方人民政府市容環境衛生行政主管部門(以下簡稱市容環境衛生行政主管部門)負責船舶汙染物接收、貯存、運輸和處置的監督管理。第五條防治船舶汙染應當堅持預防為主、防治結合的原則，誰汙染，誰負責。
任何單位和個人都有保護內河水域環境的責任，並有權監督和舉報船舶汙染內河水域的行為。第六條海事管理機構應當加強防治船舶汙染法律、法規和本條例的宣傳，在航道沿線設置宣傳設施，免費發放宣傳資料；加強監督檢查，貫徹處罰與教育相結合的原則，增強船員和其他水上作業人員的汙染防治意識。
海事管理機構和市容環境衛生行政主管部門應當建立健全內河船舶汙染防治行政執法責任制，依法行政，文明執法，加強服務，公布舉報電話、信箱或者電子郵箱，受理船舶汙染舉報，並及時處理。第二章防治船舶汙染第七條船舶結構和設備應當符合國家和省有關防汙染的規範、標準和要求。
船舶防汙設備應按規定正常使用，不得擅自拆除或停用。第八條船舶應當根據船型、噸位、功率和配員配備適宜的廢油、殘油、垃圾和其他有害物質儲存容器，並正常使用。
船舶應當加強生活汙水管理，防止和減少糞便等生活汙水的直接排放。客船、旅遊船、長江輪渡應當配備並正常使用糞便儲存構築物，30總噸以上的其他船舶應當配備並正常使用糞便儲存容器。
客船、旅遊船和長江渡船的經營人負責船上環境衛生管理和對乘客(旅客)的環境衛生宣傳教育。禁止旅行者(旅客)向內陸水域扔垃圾。第九條港口、碼頭、船閘和水上服務區應當按照防止汙染、確保安全和方便使用的原則，設置與其貨物裝卸和通過能力相適應的船舶汙染物接收設施，並加強日常管理和維護，確保其處於良好使用狀態。
港口、碼頭、船閘、船舶加油站和水上服務區的管理單位，以及在內河從事船舶修理和拆解的單位，負責打撈和清除其作業區域內的水上漂浮物。第十條禁止船舶向內河排放廢油、殘油、殘貨和船舶垃圾。
含油汙水、壓載水、洗艙水、生活汙水等的排放。進入內河水域的，應當符合國家和省規定的船舶航行、停泊、作業、修理、拆解等相關活動的排放標準和要求。
禁止船舶向旅遊景區、飲用水源保護區、取水區、水庫和其他需要特殊保護的區域排放含油汙水、壓載水、洗艙水和生活汙水。
第三款所列需要特殊保護的區域，有關部門和單位應當設立相關標誌。第十壹條載運危險貨物的船舶清洗艙室和集裝箱產生的汙物、汙水應當分類集中收集處理，不得排入水體。第十二條船舶汙染物應送至港口、碼頭、船閘、水上服務區或船舶汙染物接收單位。
城市市區和幹線航道的港口、碼頭、船閘和水上服務區，應當配備船舶汙染物收集船，積極收集其管理或者作業水域的船舶汙染物。縣級以上地方人民政府應當對汙染物收集船的配置給予財政支持。
接收單位接收船舶汙染物，應當出具由省市容環境衛生管理部門會同海事管理機構統壹監制的接收憑證。
接收單位應當按照規定對接收的船舶汙染物進行處理，或者委托市容環境衛生作業企業清運；屬於危險廢物的，應當交由取得危險廢物收集、貯存、處置經營許可證的單位處理。
船舶汙染物的接收和處理應當實行有償服務。具體收費辦法由省物價部門會同有關部門制定。