1.主校區包括經濟管理學院、電子商務學院、政治與法律學院、文學與傳媒學院、外國語學院、理學院、機械與材料工程學院、電子工程學院、信息科學與技術學院、建築工程與規劃學院、藝術學院、會計學院、旅遊與地理學院、體育學院。？
2.潯東校區有五個二級學院，分別是藥學與生命科學學院、繼續教育學院、護理學院、基礎醫學院和臨床醫學院。
3.九江學院陸豐校區也是九江學院的醫學院。
目前，醫學院設有五年制臨床醫學、臨床醫學(面向農村醫學生)、臨床醫學(麻醉學)、四年制藥學、醫學檢驗和藥物制劑六個本科專業，三年制臨床醫學、口腔醫學、護理、藥學、醫學檢驗、醫學影像、衛生信息管理、中西醫結合八個專科。