（1）旅遊業對水的需求量相當大，對區域水資源造成很大壓力。為滿足遊人對水的需求，農家生態旅遊地往往采取修水庫、建攔河壩、地下蓄水池等供水工程，攔蓄大氣降水、地表徑流和地下潛水。
（2）地表水、地下水時空分布的改變，打破了長期形成的水循環，使泉水、溪流的流量減少，甚至幹枯和消失。
（3）壹方面，水體的自凈能力降低，有的水體看上去清澈如鏡，實際上大腸桿菌、有機汙染嚴重。另壹方面，由於水分條件改變，原來的濕生環境逐漸向幹生環境演替，水生生物、濕生植物、濕地水鳥等種群將減少或消失，河床上苔蘚等低等植物難以為繼。
（4）密集的遊人活動和工程建設重塑地表輪廓，加劇了土壤侵蝕程度，使得大量土壤成分被沖刷進入水體，徑流的泥含沙量大增，尤其是在雨季，本來清澈的溪流變得壹片渾濁。