京城·大街
飯後，林月如帶李逍遙出門逛街。到劉家對門古董商家，將布包交給古董商的妻子，得到回送的紫金葫蘆，從葫蘆的底部學到靈葫咒。在酒館中遇到在蘇州曾見過的算命仙，由於預言很靈驗，李逍遙執意贈他500百文禮金。橋頭有位乞丐，給他身上壹半錢，他會說到他曾在劉家後花園見到彩依變成蝴蝶精的事。再給100文，他會說妓院最近來了壹位小蓮兒。李逍遙疑心是靈兒，趕去調查，結果不是。回到橋頭，見劉府婢女阿萍來報，劉夫人要二人趕緊回去。
京師·劉宅
回到劉宅才知，原來是林月如的父親來了。他要李逍遙單獨和他到後花園談話，實為要試李逍遙的武功。李逍遙擋下林父的七訣劍氣後，林父就離開了。正當李逍遙和林月如在樹林前談話，看到彩依從樹林中走出，嚇了壹跳，因此再到廂房探視劉晉元，偷看到劉晉元懷疑彩依的來歷，不肯吃藥，將藥打翻。彩依不得已將劉晉元迷倒，再度出門去采藥。李逍遙將劉晉元救醒，三人出門遇到雲姨。雲姨要劉晉元暫時到她的房裏休息。此時，婢女阿香提到她家鄉如有人夢遊不醒就會找道士做法，因此雲姨給李逍遙3萬文，托兩人出外找個道士來捉妖。
京師·大街
兩人在酒館中找到壹名自稱是太乙真人門下弟子的茅山道士，索價15000文。
京師·劉宅
茅山道士看過劉晉元的病後，判斷劉晉元所中的毒是盅毒和壹種不知明的毒，常人如果中了毒都活不過7天，而劉竟活了壹個月，因此甚為奇怪，要到劉晉元房中查看。到了廂房，道士稱房中有妖氣，要作法驅妖，卻屢次失敗，嚇得逃走。月如和李逍遙壹出廂房見有異物飛過，同時飄來令人昏睡的牡丹花香，兩人緊閉呼吸，沒有昏倒，但劉府其他人等都因此而昏睡了。劉晉元也不見了。府外兵士未得劉尚書的命令也不敢入內。此時，劉府外河裏漂來壹具屍體，李逍遙將其撈起壹看，卻是傳授他劍術的酒劍仙。酒劍仙打個哈欠醒來，聽李逍遙說後要他贅開壇作法的用具蠟燭、符紙、檀香和酒。取得用具後，酒劍仙在劉府後花園施展醉仙封魔大法，結果作法沒多久就睡著了。月如以為他喝醉了，到後花園見到變回蝴蝶的彩依和昏迷不醒的劉晉元。月如不聽彩依的解釋，持劍相逼。彩依不得已將劉晉元帶到樹林裏面。
樹林
李逍遙和林月如追進樹林，見到彩依帶著劉晉元飛到壹張大蜘蛛網前，聽到她與蜘蛛的談話，才知道事情的真相。原來，壹個月前彩依不小心被困在蜘蛛網上，為劉晉元所救，但劉晉元也因此被蜘蛛精黑娘子下了纏魂絲之毒。彩依為了報恩，化身為人嫁給了劉晉元，原想用自制的百花仙釀救治他的病，結果劉晉元懷疑，拒絕用藥。如今劉晉元的病情惡化，只好帶著劉晉元來見蜘蛛精，願以己身換取劉晉元的性命。李逍遙壹看誤會了彩依，挺身與黑蜘蛛相鬥，由於黑蜘蛛壹死，此毒無人可解。彩依只好將千年道行輸送給劉晉元，以換取十年壽命，並要林月如永遠不要告訴劉晉元真相，以免他傷心。失去千年道行的彩依失去了變為人形的能力，化為壹支蝴蝶翩然而去。稍後劉夫人趕來，帶病愈的劉晉元回府。
李逍遙因靈兒之事請酒劍仙帶他去蜀山找獨孤劍聖，酒劍仙也有心收李逍遙為徒，於是施展飛仙術帶李逍遙和林月如回蜀山。
蜀山·仙劍派
到蜀山仙劍派後，酒劍仙帶二人見過師兄獨孤劍聖。李逍遙向獨孤劍聖問及靈兒之事，獨孤劍聖壹口否認。李逍遙在練丹房見到小石頭化成的玉佛珠。小石頭說，靈兒已被劍聖關到鎖妖塔中。李逍遙持玉佛珠向劍聖質問，劍聖認為靈兒是個妖孽，因此關入鎖妖塔中。由於仙劍派弟子皆不得進入鎖妖塔，因此李逍遙放棄拜酒劍仙為師的打算，酒劍仙有感於李逍遙的真誠，雖無師徒之名，卻再度向李逍遙傳授逍遙酒神咒、醉仙望月步，仙風雲體術等法術，並贈以雷靈珠，送他們到後山門。
蜀山·鎖妖塔
進入鎖妖塔，李逍遙和林月如被傳送到塔頂，從塔頂往塔底壹層壹層往下尋找靈兒的下落。兩人終於在壹層插有巨大劍柱的大廳中找到靈兒。此時李逍遙也記起仙靈島的事情，他並不介意靈兒的身分，月如也同意與靈兒***侍壹夫。這時鎮獄明王突然現身阻止，李逍遙壹看唯有武力可解決，與月如、靈兒聯手打敗了鎮獄明王。這時在第五層從壇中救出的天鬼皇帶領大群妖魔出現，要李逍遙幫忙他們離開鎖妖塔，但卻沒有有人知道離塔的方法，這時在第四層遇到的書中仙說塔底的化妖池中有7根七星蟠龍柱，是支撐鎖妖塔的，只要將柱子砍除即可，不過要小心守護柱子的神龍。由於化妖池水會融化妖魔，只有李逍遙三人可下。找得壹入水口後，3人即潛進化妖池中，陸續擊敗7只守護神龍後，將龍柱全部推倒，頓時鎖妖塔完全崩毀，而月如為救李逍遙和趙靈兒，不幸被巨石擊中。
苗疆·聖姑家
獨孤劍聖面冷心熱，亦為李逍遙的真情所感動，危中將3人救出鎖妖塔，送到苗族長老聖姑家中治療。李逍遙只是皮肉傷，靈兒因有孕而動了胎氣，唯月如因被巨石直接打倒，已是回天乏術。李逍遙醒了之後，聖姑要他到神木林的金翅鳳凰巢中取回鳳凰蛋殼，並到大理城的火眼麒麟洞中取得麒麟角合藥，給靈兒安胎。
神木林
從聖姑家外的壹棵樹上拿到多個鼠兒果，在香蕉樹上采得香蕉2根。過了壹道橋後，來到西南方的神木林。由於鳳凰喜歡在高枝上築巢，李逍遙攀枝越樹，途中兩次遇到小猴子擋道，均用香蕉打發。最終見到鳳凰巢，趕走了護巢的鳳凰，正要取蛋，此時有壹小苗女出現把蛋搶走，追趕之際，從樹上跌下。小苗女將李逍遙救醒，得知小苗女是白苗族長的女兒阿奴。由於聖姑合藥只要蛋殼，阿奴答應他小鳳凰出生後，就將蛋殼給他，但在此之前，李逍遙需幫她到壹處隱密的樹洞是偷妖怪的寶物。
樹洞
阿奴帶著李逍遙來到壹個樹洞中，趁妖怪首領離開時進入洞中，想不到他們翻遍整個藏寶室也找不到阿奴所要的水靈珠。原來阿奴想要找到水靈珠祈雨，來化解自從巫後之變以來長達10年的旱災，化解白苗族和黑苗族之間為爭奪水源而引起的戰爭。
大理城
阿奴沒找到水靈珠，失望地離開樹洞，帶李逍遙進入大理城，伺機進入麒麟洞。大理城是白苗族首府，為了抵抗黑苗族的進攻，目前呈現劍拔弩張的警戒狀態。火眼麒麟是白苗族的聖獸，未經族長允許，兩人當然不得入內。阿奴先去找她母親白苗族長，族長正在開會商量如何對抗黑苗族，沒時間和阿奴長談。阿奴離開會議廳，正好遇見守衛麒麟洞的士兵正好抓到壹位奸細前來報告，因此心生壹計，回到麒麟洞前，騙走另壹位士兵，和李逍遙進入麒麟洞。
大理城·麒麟洞
李逍遙和阿奴在洞中找到火眼麒麟，阿奴調皮，去揪正在睡覺的火眼麒麟的胡子，醒來的火眼麒麟與李逍遙打了起來。擊敗的火眼麒麟化成人形，問李逍遙的來意，知道靈兒是女媧後裔，很大方地拔下壹支角送給李逍遙，並要李逍遙到大理城中女媧神殿走壹趟。
大理城·女媧神殿
女媧神殿是白苗族祭祀女媧女神的地方，殿中蛇尾人身石像據說是十年前大水災時帶來的，因其與女媧神形似，故在神殿裏供人祭拜。李逍遙見石像容貌與靈兒極為相似。不由得向前察看，卻被傳送到壹個地方，在此見到靈兒的母親巫後，才知石像是巫後所變。巫後問明李逍遙對靈兒的情意後，就將他傳送到十年前的南紹城。
南紹城·黑苗族王宮
李逍遙被傳送到壹處郊野，見到數名黑苗族士兵奉拜月教主之命，正在追殺正帶年僅6歲的靈兒逃離苗疆的姥姥。李逍遙殺死這些士兵，姥姥向她道謝後帶靈兒乘鳳凰離開。隨後又有另壹批黑苗士兵來到，李逍遙再次打敗這些黑苗士兵，為避免麻煩，李逍遙也換上黑苗服祝向西走看到壹艘小船，船上的黑苗士兵要他壹起到王宮集合。南紹城此時為大水所淹，拜月教主認為是巫後所為，鼓動士兵脅迫巫王處死巫後。李逍遙潛入王宮中的監牢見到被囚禁的巫後，巫後要他到王宮地下宮殿取回天蛇杖，以便脫困。
南紹城·地下宮殿
李逍遙告訴地下宮殿石長老壹句巫王交待的暗語。進入地下宮殿取回被巫王沒收的天蛇杖，將天蛇杖交給監牢中的巫後。兩人正要逃離，巫王和拜月教主來到，拜月教主施法，使巫後露出蛇尾人身的原形，迫使巫後帶著李逍遙逃往王宮下面的地下水道。
南紹城·地下水道
在地下水道，李逍遙和巫後遇到拜月教主帶著水魔獸前來追桑原來拜月教主破壞女媧的封印，召喚太古魔獸造成了水災，卻利用巫後不是人類而嫁禍給她。由於水魔獸遇水即生，因此只能暫時將她打敗，卻無法徹底消滅。巫後帶著李逍遙且戰且逃，終於無路可逃，最後巫後犧牲自己消滅水魔獸，而將李逍遙傳送到他家附近的山神廟。
山神廟
李逍遙被傳送到離家不遠的山神廟，見到了十年前的自己。才9歲的他說山神廟裏來了壹位受傷的老婆婆和壹位小女孩。李逍遙進去壹看，原來是姥姥和靈兒逃難至此。姥姥給他帶壹條鳳紋手絹作為信物，到港邊找接應的人。
小鎮·港口
李逍遙來到港口，壹位船上的商人認得這條鳳紋手絹，原來他就是靈月宮主所變。靈月宮主帶姥姥和靈兒回仙靈島躲藏。行前她告訴李逍遙有壹種叫做回魂仙夢的法術能夠使人在夢中看到過去，如果想要結束這個夢，只要滿足做夢之人心底的願望即可回到現實。
山神廟
李逍遙在從山神廟西南小路的樹下小箱子中見到壹顆很特別的小珠子，9歲的李逍遙過來阻止，說這顆珠子是父親送給他的，李逍遙和小時候的自己商量，以壹柄木劍交換這顆水靈珠。身上沒有木劍，可到小鎮港口處的木匠鋪裏買壹把。
大理城·女媧神殿
得到水靈珠後，李逍遙又重回女媧神殿的石像前，見到阿奴正在為他的安危禱告。原來他已失蹤壹個月了，小鳳凰也已經出生了。
苗疆·聖姑家
李逍遙將取得的鳳凰蛋殼和麒麟角交給聖姑，數月後靈兒順利生下壹個女兒，取名為憶如，以紀念月如。聖姑要李逍遙到試煉窟中抓36只傀儡蟲回來。
苗疆·試煉窟
從大理城外向東南方向走可到試煉窟。半道上李逍遙遇見蓋羅嬌正在訓練五毒獸以對抗黑苗族，為避免秘密泄漏，想殺人滅口，李逍遙不得已只好出手還擊，打敗她後，阿奴出現阻止蓋嬌奴再度拼命。蓋羅嬌離去後，李逍遙和阿奴壹起進入試煉窟。阿奴提到傳說試煉窟深處有女媧的陵墓，但沒有人能夠到達。李逍遙壹邊打敗怪物，獲得傀儡蟲，壹邊往地底深處走，在女媧陵墓外放置兵馬俑的大廳西南方找到壹個幻像墻，穿墻而過後，先到北邊的石室取得蘆葦漂，再到南邊水道使用蘆葦漂，經過壹個水上迷宮，就到了女媧陵墓。在此可得到玄冥寶刀，無塵劍、金罡珠、冥蛇杖等至寶，並可以學到土神、雷神、風神、雪妖、火神等法術。之後，利用土靈珠回到地面。
桃花林
將傀儡蟲交給聖姑後，托她照顧憶如，李逍遙和阿奴陪靈兒到大理城。出聖姑家，過橋向西北走有壹座桃花林，使用風靈珠吹散濃霧，就可以進去。在桃花林可使用飛龍探雲手從怪物身上偷得天仙玉露、女媧石、靈山仙芝等寶物，而且也可以提升靈兒的等級。
大理城·女媧神殿
到了大理城，正趕上黑苗族來襲，白苗族處於下風，老弱婦孺痘撤到女媧神殿避難。靈兒到巫後石像前祈禱，巫後顯靈，要靈兒用愛化解兩族間的仇恨，並將聖靈珠、聖靈披風、天蛇杖交給靈兒。靈兒到神殿右側的祭壇祈雨。先將聖靈珠放在祭壇前石碑中央的圓孔中，祭壇會升起5根石柱，依次將雷靈珠、風靈珠、土靈珠、火靈珠、水靈珠放在東西南北中5個石柱頂端的凹孔中，念出祭雨咒文，不多時，久旱無雨的苗疆終於下起了十年來第壹場雨，大地復蘇，正在激戰的雙方士兵也停止了戰鬥。黑苗族兵大嚷女媧娘娘發怒了，紛紛逃走，拜月教主也擋不住。正當白苗族歡慶勝利時，地底下突然鉆出壹只地魔獸，消滅地魔獸後，靈兒決定循它鉆出的地底通道，到南紹城去。
南紹城·王宮
穿過地底通道到達地底王宮。從地底王宮進入王宮大殿，看到巫王獨自坐在王座上，巫王要將王位讓給靈兒，並原諒他的行為。話沒說完，拜月教主就出來制止。李逍遙打敗他派出的殿前武士，巫王突然偷襲靈兒，使她受了重傷。原來巫王早已被拜月教主害死，這個巫王是妖怪喬裝而成。李逍遙和阿奴殺掉這個裝扮成巫王的妖怪後，阿奴留下來為靈兒療傷，李逍遙則在王宮入口處追上拜月教主。拜月教主承認水災和旱災均是他壹手操縱，他要率領魔獸征服天下。這時靈兒和阿奴也趕到，三人合力將拜月教主打倒。拜月教主投水，與水魔獸合體，引發大水，將李逍遙和阿奴沖走，只有靈兒飛身上前與水魔獸決戰。
魔獸消失了，大水也退了，但靈兒不再出現。不久李逍遙與阿奴告別，獨自離開了苗疆。阿奴送走了逍遙，也送走了她的心。月如得聖姑以傀儡蟲復生，抱著初生的憶如，等待李逍遙和靈兒歸來。