許願樹是兩棵大榕樹。兩樹被當地村民視為神靈，並在其根部燃點香燭冥鏹祈褔許願。後來，人們還制作寶牒，寫上願望，並將其系上重物（早年用石頭，近年已改用橙），然後在誠心向樹許願後便將其拋上樹幹，不跌下來者代表願望可成真。這個習俗廣傳開去，吸引了很多香港居民甚至外地遊客來到林村許願樹許願，以農歷新年期間的人流最旺。
由於許願樹經常受到寶牒纏繞，使其變得相當脆弱。2005年2月12日，其中壹棵許願樹終於不勝負荷，其中壹條主幹塌下，導致多人受傷。其後當局明令禁止拋寶牒上樹幹，改設木制的許願架供遊人掛上寶牒，使許願樹能夠休養生息。然而，仍有少量遊客不理會這個勸喻，仍然將寶牒拋上許願樹。
政府做了大量的工夫去救許願樹，但是由於許願樹損傷嚴重，所以即使盡了全力保育，仍然沒有復原的跡象。專家曾視察過，知道許願樹沒有新的氣根“落地生根”，綠葉亦買少見少後，就斷定許願樹已難復當年樹影憧憧及樹大根深，而步入衰老期，並將於5至10年內枯死。
許願樹的傳說:
清末年間，從化頭甲西山麓下的壹個小村莊裏，有壹對深深相愛、青梅竹馬的年輕男女，男的叫阿俊，女的叫鳳兒。阿俊18歲時，要代表村裏去遙遠的南海參加海許願樹 戰，二人依依不舍，在村頭的木棉樹下私定終身，相約兩人要白頭偕老。
阿俊走後，鳳兒每天都去村頭的木棉樹那裏，在木棉樹上纏壹條黃布條，默默地許下壹個願望，天天如此，月月如此。
每當村裏的人經過時，都會好奇地問她：“鳳兒，今天又許什麽願了啊？”
每次鳳兒只是害羞地笑笑，低頭不語。
其實，木棉樹知道，她所有的願望只有壹個——心愛的阿俊能夠早日歸來與她白頭偕老。
五年過去了，海戰也結束了，卻依舊沒有阿俊的消息。只是村頭的木棉花上纏滿了黃布條，每年木棉花開的時候，紅色的木棉花和黃色的布條相映顯得格外鮮艷奪目，村裏人久而久之，都習慣並喜歡上了這棵獨特的木棉。然而，在鳳兒眼裏，每多壹條黃布條就如在心裏多紮了壹針，木棉樹越奪目，她的心就越痛。她最喜歡起風的日子站在木棉樹下，仰頭看著隨風飄揚的黃布條，靜靜地感受著風兒將她的思念捎去給心愛的阿俊。
又過了五年，有關阿俊去向的消息說法各異，有的說他升官後遠走他鄉了，有的說他殘廢了不想連累鳳兒客居他鄉了，有的說他在海戰中犧牲了……村裏的人都勸鳳兒別等了，找戶人家早點嫁了。附近的村鎮也有很多人來提親，鳳兒都執意拒絕了。
在漫長的等待和思念中，美麗善良的鳳兒壹天壹天地憔悴下去，父母心急又心痛，四處托人為她提親，鳳兒都置之不理，依然是每天去木棉樹下，纏上壹條黃布條，默默地許願，默默地流淚……
終於，鳳兒的父母自作主張，把鳳兒許給了鄰村的壹戶人家。鳳兒沒有反抗，只是經常壹個人靜靜地坐在村頭的木棉樹下，兩眼望著遠方……婚禮的前壹個晚上，鳳兒穿上了那套父母為她精心準備的讓全村女子都羨慕、嫉妒的禮服，獨自來到了木棉樹下。
婚禮當天，全村人都集合在頭甲山麓下，等待著歡送新娘。然而所有人都驚呆了，村頭的木棉樹上全部纏滿了黃布條，穿著鮮艷婚服的鳳兒靜靜地躺在樹下，眼睛輕輕地閉著，臉帶著笑容，她永遠地睡過去了。當人們正驚訝地看著這壹幕時，木棉樹的黃布條忽地騰空而起，沖向天空。這時，村民們看著隨風飛舞的黃布條在空中變成了鳳兒和阿俊，他們牽著手親密地向天際飛去……
從那壹天起，頭甲西山麓下的木棉樹多了壹個傳說:無論男女，只要將寫有自己願望的黃布條掛在樹上，虔誠地祈禱，他們的願望就會實現。久而久之，人們來到這棵木棉樹下，會把預先準備好的黃布條拋掛在樹上，祈福許願，後來形成了壹種習俗。
每年木棉花開時，到從化溫泉旅遊的海內外有心人總要到這株許願樹下拋彩許願，親手掛上黃布條，以期願望成真。