必須貫徹“以防為主，防治結合”的環保方針，首先要控制和消除汙染源，同時充分利用土壤本身具有的強大凈化能力。
（1）合理控制遊客數量，加強遊客教育。在適當的地區設置警示牌，從而讓遊客認識到踐踏對景區土壤和植被造成的不良影響，以及廢物、廢水的亂丟亂排對土壤的危害，崇尚文明旅遊。
（2）垃圾分類收集。以農家生態旅遊經營者為“據點”，以執行垃圾分類為突破口，配合農家生態旅遊的發展，在鄉村地區開展壹場環境保護、環境教育的“會戰”，對提高全民素質、營造良好生態環境具有重要的意義。
（3）加強對農用水源及汙水灌區的管理。用汙水灌溉的水質必須符合國家環保總局批準的《農田灌溉水質標準》，同時必須控制灌溉水量，註意防止滲漏。灌溉區要加強對灌溉汙水的水質監測，了解水中汙染物的成分、含量及其動態，避免帶有不易降解的高殘留的汙染物隨水進入土壤，引起土壤汙染。
（4）減少化肥、農藥的施用量，避免對土壤造成新的汙染。加強農用化肥的立法工作，把化肥汙染防治納入法制軌道。禁止或限制使用劇毒、高殘留性農藥，大力發展高效、低毒、低殘留農藥，發展生物防治措施。禁止使用高殘留的有機氯農藥。根據農藥特性，合理施用，制定使用農藥的安全間隔期。采用綜合防治措施，既要防止病蟲害對農作物的威脅，又要把農藥對環境和人體健康的危害限制在最低程度。
（5）增加土壤容量和提高土壤凈化能力。增加土壤有機質含量、砂摻黏改良土壤，以增加和改善土壤膠體的種類和數量，增加土壤對有害物質的吸附能力和吸附量，從而減少汙染物在土壤中的活性。發現、分離和培養新的微生物品種，以增強生物降解作用，提高土壤凈化能力。
（6）合理利用土地，恰當進行要素的空間布局。農家生態旅遊的開發，不可避免會對鄉村原有的土地利用格局產生影響，但是對打著發展農家生態旅遊的旗號，對農用地，特別是耕地進行占用和新壹輪的宅基地擴張等行為應堅決給予處罰。農家生態旅遊的土地利用，應本著最小化的原則進行，即盡量利用原有土地類型，避免土地類型發生變化；盡量減少對原有景觀的破壞，如果實在無法避免，也要對景觀進行修復和整治。