九寨溝地處青藏高原向四川盆地的過渡地帶，碳酸鹽巖分布廣泛，褶皺、斷層發育，新構造運動強烈，地殼隆升幅度大，各種力量交織，造就了多樣的地貌，發育了大規模的巖溶鈣華礦床，主要是植物巖溶鈣華礦床。
九寨溝海拔3000米左右，屬於高原濕潤氣候。九寨溝春季氣溫變化較大，平均氣溫大多在9-18℃之間。四月天氣前有凍土和殘雪。夏季，九寨氣溫上升迅速且穩定。
平均氣溫19-22℃，晚上涼了要準備薄毛衣；秋季天氣清爽宜人，氣溫多在7-18℃，晝夜溫差大，尤其是10月以後的深秋。