雍正十三年(1735)，雍正帝停於此，宮殿各大殿的綠琉璃瓦換成了黃琉璃瓦。
乾隆九年(1744)，雍和宮改建為正式的藏傳佛教寺院，成為清政府掌管全國藏傳佛教事務的中心。
解放後，政府在1950、1952、1979進行了全面修繕，並在1961公布為全國重點文物保護單位。1981年對外開放。
1957 10北京市人民委員會公布了北京市第壹批39處文物保護單位，包括雍和宮。
1961年3月，雍和宮被國務院列為第壹批全國重點文物保護單位。
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就行政管理而言，清朝在當時的雍和宮有壹個非常高的管理機構，即“中正殿管理喇嘛誦經處”，是清朝管理全國蒙藏事務的最高直屬機構，官員稱之為“雍和宮事務大臣”，只有壹個，通常從王公中選拔。其下有“雍和宮東院務大臣”，人數不定，壹般從王公和壹、二等文武官員中選拔。
當時清政府在永和宮設置了“文案室”、“壇室”、“樓室”三個房間。他們負責管理雍和宮的通信、僧人誦經、佛像創作等。其中，“復印室”下設筆糊(秘書)和蘇拉筆糊(副秘書)，負責公文交換的具體工作；“壇室”下有副都督、首席太監、太監喇嘛，由喇嘛負責誦經；事實上，該建築是清代雍和宮中壹座頗具規模的制造佛像的工廠。
除了負責人，工廠裏還有40名工人。這些工人分為九組，分別從事銅金、鍍金、鑄銅、玉雕、牙雕、彩繪、裝金、彩繡、繅絲等不同種類佛像的制作。清朝的八旗軍隊負責雍和宮的安全。
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