斯洛文尼亞於6月25日宣布獨立1991。
克羅地亞——在5月2日舉行的全民公投中，1991，93.24%的選民支持獨立，克羅地亞於6月25日宣布獨立，1991。
馬其頓——在9月8日舉行的全民公投中，1991，95.26%的選民支持獨立，馬其頓於9月25日宣布獨立，1991。
波黑——在2月29日和3月29日舉行的全民公決中，1，65438，92.7%的選民支持獨立，波黑於3月3日1992宣布獨立。
斯洛文尼亞、克羅地亞和波黑於5月22日1992加入聯合國，馬其頓於4月8日1993加入聯合國。1991 1，KOS(南斯拉夫反間諜組織)發布了壹段秘密會議的視頻，視頻中出現了克羅地亞國防部長馬丁·斯皮格爾和另外兩人。斯皮格爾宣傳他們在與聯邦軍隊作戰，並指示另外兩人走私武器，並教他們如何對付駐紮在克羅地亞城市的南斯拉夫軍隊。然後軍隊試圖以叛國罪和試圖非法進口武器為由起訴斯皮格爾。
克羅地亞軍隊被發現進口武器來對付克寧的局勢。波斯尼亞和黑塞哥維那、克羅地亞、馬其頓和斯洛文尼亞都選出了獨立政府。斯洛文尼亞要求尊重公投結果和獨立，而南斯拉夫面臨迫在眉睫的解體危機。
3月1991日，南斯拉夫人民軍會見聯邦主席團主席，軍隊試圖說服主席南斯拉夫進入緊急狀態，這將使軍隊能夠控制國家。南斯拉夫陸軍參謀長維裏科·卡迪耶維奇認為，壹個毀滅國家的陰謀正在進行，他聲稱:
摧毀南斯拉夫的卑鄙計劃正在實施。第壹步是內戰，第二步是外國幹涉。並在南斯拉夫各地建立傀儡政權。-威利科·卡迪耶維奇，1992。
這種說法意味著，要求獨立的各國政府都是西方國家的馬前卒，必須被消滅。克羅地亞代表斯捷潘·梅西奇對此非常憤怒，認為約維奇和卡迪耶維奇試圖用軍事力量實現大塞爾維亞。而約維奇和卡迪耶維奇則批評“這是戰爭”，要求各國代表同意實施戒嚴，聲稱不實施戒嚴南斯拉夫就會崩潰。在這次會議上，提出了壹項實施軍事管制的建議，以便結束克羅地亞的危機，並承認保護塞族人的軍事行動。由於波斯尼亞和黑塞哥維那塞族的反對，投票被否決。波斯尼亞和黑塞哥維那代表認為，仍然有可能通過和平手段而不是使用武力來解決問題，並反對實施戒嚴令。此後不久，聯邦主席團就關閉了。約維奇作為聯邦主席團主席的任期在會後結束。約維奇阻止第二任主席克羅地亞人斯捷潘·梅西奇就職，讓與米洛舍維奇的黑山政府關系密切的布蘭科·科斯蒂奇擔任主席。
5月1991日，克羅地亞舉行全民公投，決定是否獨立。83.56%的選民參加了投票，而塞族人抵制了投票。94.17%的選民支持克羅地亞獨立(占總數的78.69%，而1.2%的人反對。)
斯洛文尼亞和克羅地亞都在6月25日宣布獨立。第二天(6月26日)，聯邦主席團命令軍隊控制南斯拉夫邊境。然而，南斯拉夫人民軍不願意在自己的土地上發動戰爭。1991年7月7日，在世界各國的壓力下，南聯盟、斯洛文尼亞和克羅地亞達成了為期三個月的停火協議，史稱布裏奧尼協議。斯洛文尼亞和克羅地亞暫停獨立三個月，在此期間南斯拉夫軍隊必須完全撤出斯洛文尼亞。
歐共體和彼得·卡林頓策劃的恢復南斯拉夫聯邦的談判以失敗告終。在卡林頓的計劃中，南斯拉夫將分階段解體，每個國家將承認其他聯邦組成國的獨立。作為交換，歐洲國家向米洛舍維奇政權保證，居住在塞爾維亞國王的塞爾維亞人將受到保護。然而，米洛舍維奇不同意這壹計劃。歐盟無權解體南斯拉夫，這壹計劃將使塞爾維亞、黑山、波黑和克羅地亞的塞族分裂，有損塞族的利益。卡林頓提議在各國就這壹計劃舉行全民公投。莫米爾布拉托維奇統治的黑山最初同意這壹計劃。但迫於塞爾維亞米洛舍維奇的壓力，黑山改變立場，反對這壹瓦解南斯拉夫的計劃。1991三月底四月初，十六湖事件發生，克羅地亞獨立戰爭爆發。交戰雙方是克羅地亞政府和克拉伊納自治區的塞族叛軍(由塞族控制的南斯拉夫人民軍支持)。1991 4月1日，克拉伊納自治區宣布脫離克羅地亞獨立。緊接著克羅地亞宣布獨立，克羅地亞塞族也宣布在西斯拉沃尼亞和東斯拉沃尼亞成立自治組織Balaia Sisrem。199112 19，這三個地區並入塞爾維亞克拉伊納共和國。克羅地亞東部的其他塞族部隊也聲稱他們將加入塞族克拉伊納共和國。薩格勒布開始停止向貝爾格萊德繳稅，而克羅地亞塞族拒絕向薩格勒布繳稅。在壹些地方，南斯拉夫軍隊扮演了緩沖區的角色。在其他地方，他們幫助塞爾維亞人對抗克羅地亞軍隊和警察。
在南斯拉夫解體的過程中，仇外心理和種族緊張在克羅地亞的獨立戰爭中表現得很明顯。克羅地亞和塞爾維亞都在政治宣傳中煽動對對方的恐懼。為了獲得支持，他們聲稱自己的民族受到迫害，誇大自己民族的死亡人數。在戰爭的最初幾個月，以塞族人為主的南斯拉夫陸軍和海軍包圍了教科文組織的世界遺產地、克羅地亞的斯普利特和杜布羅夫尼克鎮及其附近的村莊，並炮轟平民居住區。作為塞爾維亞的政治宣傳，南斯拉夫媒體聲稱，襲擊的原因是有斯塔薩的部隊和國際恐怖分子藏在這些城市。根據聯合國的調查，杜布羅夫尼克沒有這些武裝力量。此後，克羅地亞軍隊的戰鬥力增強了。當時的黑山總理米洛·久卡諾維奇與米洛舍維奇是盟友，他借此機會宣傳黑山的民族主義，聲稱如果控制了杜布羅夫尼克，黑山的領土將擴大到杜布羅夫尼克。黑山的民族主義者聲稱杜布羅夫尼克在歷史上屬於黑山。現在黑山的邊界是由古板無知的布爾什維克地圖制作者劃定的。與此同時，塞爾維亞政府否認其盟友黑山政府的這些說法。塞爾維亞總理德拉庫爾·澤列諾維奇聲稱杜布羅夫尼克在歷史上屬於塞爾維亞，而不是黑山。各國每天都在密切關註塞爾維亞對杜布羅夫尼克的進攻，有報道稱這是米洛舍維奇在南斯拉夫解體時試圖建立大塞爾維亞的證據。這些報道指出，米洛舍維奇在其黑山盟友和塞爾維亞民族主義者的支持下，試圖贏得黑山的支持，以便奪取杜布羅夫尼克。
在武科瓦爾，當南斯拉夫軍隊進入該市時，克羅地亞人和塞爾維亞人之間的種族緊張變成了暴力。南斯拉夫軍隊和塞爾維亞準軍事組織通過城鎮戰爭占領了該市，並摧毀了克羅地亞人的資產。塞爾維亞武裝部隊對克族人犯下暴行，殺害了200多人，同時其他克族人被強行驅逐出武科瓦爾。這壹事件後來被稱為武科瓦爾大屠殺。1991至1992期間，多民族聚居的波斯尼亞和黑塞哥維那的民族關系日趨緊張。波斯尼亞和黑塞哥維那議會由占多數的波斯尼亞人(穆斯林)和占少數的塞族和克族政黨分裂。在1991中，最強大的塞爾維亞民主黨領導人、激進的民族主義者拉多萬·卡拉季奇直接警告波斯尼亞和黑塞哥維那的波斯尼亞總統，波斯尼亞和黑塞哥維那脫離南斯拉夫將對波斯尼亞和黑塞哥維那以及生活在波斯尼亞和黑塞哥維那的波斯尼亞人造成毀滅性打擊，並發表以下聲明:
妳現在做的不好。妳企圖把波斯尼亞和黑塞哥維那據為己有，就像斯洛文尼亞和克羅地亞壹樣，這是壹條通往地獄的公路。如果妳覺得妳沒有把波黑送進地獄，那麽穆斯林也會滅絕。如果發生在這裏，穆斯林無法保護自己。-拉多萬·卡拉季奇，1991年10月14。這裏的“穆斯林”是指波斯尼亞人。
1991年，塞爾維亞總統米洛舍維奇和克羅地亞總統圖季曼秘密談判，將波黑劃分為塞爾維亞和克羅地亞地區，以避免波黑發生戰爭。在波黑，波黑塞族人在6月份舉行了1991 11的全民公投，結果顯示，大部分人投票贊成波黑與塞爾維亞和黑山留在壹個國家。
在公開場合，塞爾維亞的親體制媒體宣稱，波斯尼亞和黑塞哥維那將在民主政治的基礎上加入新南斯拉夫。然而，波斯尼亞政府沒有認真接受這壹建議。在馬其頓獨立公投中，95.26%的選民支持馬其頓獨立。1991年9月，馬其頓也宣布獨立。500名美國士兵被聯合國派往馬其頓，監視馬其頓和塞爾維亞之間的北部邊境。但是貝爾格萊德沒有幹涉馬其頓獨立，也沒有抗議馬其頓獨立。南斯拉夫沒有停止聯合國的行動，並承認馬其頓獨立，與馬其頓建立外交關系。馬其頓因此成為南斯拉夫各共和國中唯壹壹個在獨立過程中沒有受到武裝力量幹涉的國家。馬其頓首任總統基羅·格利戈羅夫和貝爾格萊德與前南斯拉夫各共和國和國家保持著友好關系。然而，馬其頓和塞爾維亞之間仍然存在邊界問題和普雷塞沃山谷問題。