植物保護學院：植物保護、制藥工程、生物安全
園藝學院：園藝、茶學、設施農業科學與工程
林學院：林學、資源環境與城鄉規劃管理、水土保持與荒漠化防治、森林資源保護與利用、生態學、統計學
生命科學學院：生物技術、生物信息學、生物技術（微生物方向）、生物工程、生物科學（基地班）
動物科學學院 ：動物基礎科學系、動物基礎醫學系、動物生產科學系、動物預防與臨床醫學系 、水產養殖學系
蜂學學院：
資源與環境學院 ：農業資源與環境、環境工程和土地資源管理
食品科學學院：食品科學系、食品工程系、營養與食品安全系
材料工程學院：木材科學與工程、材料科學與工程、化學工程與工藝、輕化工程
計算機與信息學院：計算機科學與技術、電子信息工程、數學與應用數學、信息與計算科學、軟件工程
機電工程學院 ：機械設計制造及其自動化、車輛工程、電氣工程及其自動化、電子科學與技術、工業工程
交通學院：森林工程、土木工程、交通工程、交通運輸、城市規劃、工程管理、物流管理
經濟與管理學院、旅遊學院（合署）：農林經濟管理、工商管理、會計學、旅遊管理、行政管理、金融學、國際經濟與貿易
人文社會科學學院：人力資源管理、法學、公***事業管理、勞動與社會保障、英語
藝術學院、園林學院（合署）：園林（分園林植物方向、風景園林方向）、藝術設計（分環境藝術設計方向、室內與家具設計方向、視覺傳達設計方向、傳媒動畫設計方向）、廣告學
海外學院：園藝(中加合作辦學項目,2003年起實施)、農業資源與環境(中加合作辦學項目，2003年起實施)、
成人教育學院、遠程教育學院（合署）
金山學院：工商管理、國際經濟與貿易、行政管理、旅遊管理、電子科學與技術、電子信息工程、計算機科學與技術、電氣工程及其自動化、機械設計制造及其自動化、土木工程、工程管理、英語、人力資源管理、植物保護、食品質量與安全、食品科學與工程、廣告學、藝術設計
東方學院：有6個系，19個專業
軟件高職人才培養基地