島上的生物資源極其豐富，大部分都保持著原始風貌。他們面臨著嚴重的威脅。壹是盜賊搶劫島上有經濟價值的動植物，捕捉珍稀魚類和海洋動物；二是家養動物變得孤僻粗暴，嚴重破壞了島上的動植物資源。國家公園管理部門也采取了積極的措施來保護它，比如消滅外來物種，限制遊客數量和活動範圍，正在消滅家畜，尤其是山羊；第三，引入越來越多的外來物種，導致當地生物鏈紊亂。
群島首府港灣外的沈船灣是群島最重要的漁港和第二大旅遊港。海龜與進出港口的船只相撞的事故與日俱增，已鑒定的海龜中有20%因與船只相撞而受傷。海龜是世界上最瀕危的海洋生物。因此，加拉帕戈斯海龜監測項目的目標是密切監測加拉帕戈斯群島海龜的威脅、疾病、遷徙路線和種群數量，為制定相應的保護措施提供科學決策依據。
這些島嶼被世界上鯨魚最豐富的熱點地區、東太平洋熱帶水域鯨魚和海豚最多樣的地區以及太平洋最重要的鯨魚棲息地所包圍。然而，自20世紀80年代以來，魯香鯨和須鯨的數量急劇減少，面臨滅絕的危險。自1985國際禁止捕殺鯨魚以來，這些鯨魚的數量有所增加，但全球氣候變化給加拉帕戈斯群島的鯨魚帶來了新的威脅。
1959在《物種起源》出版100周年之際，厄瓜多爾政府在國際達爾文基金的支持下，在聖克魯斯島建立了達爾文研究站，研究生態系統，保護現有的外來生物種群。1978年被聯合國教科文組織申報為“世界自然遺產”。長期以來，這些島嶼壹直是厄瓜多爾許多研究機構和自然保護項目以及外國科學家關註的焦點。