常熟市人民政府辦公室（市政府法制辦公室、市政府外事辦公室、市政府金融工作辦公室、市人民政府新聞辦公室）
常熟市發展和改革委員會（市物價局、市服務業發展辦公室、市企業上市工作辦公室）
常熟市經濟和信息化委員會（市中小企業局）
常熟市教育局
常熟市科學技術局（市知識產權局）
常熟市公安局
常熟市監察局（與市紀委檢查委員會機關合署辦公）
常熟市民政局
常熟市司法局
常熟市財政局
常熟市人力資源和社會保障局
常熟市國土資源局
常熟市住房和城鄉建設局（市地震局）
常熟市規劃局
常熟市城市管理局（市城市管理行政執法局）
常熟市交通運輸局
常熟市水利局（市水務局）
常熟市農業委員會（市林業局）
常熟市商務局
常熟市文化廣電新聞出版局（市文物局、市版權局）
常熟市衛生局（市食品藥品監督管理局）
常熟市體育局
常熟市環境保護局
常熟市旅遊局
常熟市民族宗教事務局
常熟市人口和計劃生育委員會
常熟市審計局
常熟市安全生產監督管理局常熟市統計局常熟市糧食局
常熟市信訪局
常熟市民防局（市人民防空辦公室）
常熟市政府國有資產監督管理辦公室（與市財政局合署辦公）
註：1．（）內為掛牌單位；
2．市政府僑務辦公室為市委統壹戰線工作部門掛牌機構。