中國有300多個國家級自然保護區。國家級自然保護區由省級人民政府申報，國家林業局進行初審，國務院委托環境保護總局(環境保護部)進行終審。申報國家級自然保護區之前，壹般需要省級自然保護區的資質。
華北
北京(2)
1.北京松山國家級自然保護區
2.北京百花山國家級自然保護區
天津(3)
1.天津古海岸和濕地國家級自然保護區
2.天津薊縣中上元古界地層剖面國家級自然保護區
3.天津八仙山國家級自然保護區
河北省(11)
1.河北昌黎黃金海岸國家級自然保護區
2.河北小五臺山國家級自然保護區
3.河北泥河灣國家級自然保護區
4.河北大海陀國家級自然保護區
5.河北霧靈山國家級自然保護區
6.河北圍場紅松窪國家級自然保護區
7.河北衡水湖國家級自然保護區
8.河北柳江盆地地質遺跡國家級自然保護區
9.河北塞罕壩國家級自然保護區
10.河北省茅荊壩國家級自然保護區
11.河北灤河上遊國家級自然保護區
山西省(5個)
1.山西陽城蟒河獼猴國家級自然保護區
2.山西蘆芽山國家級自然保護區
3.山西龐泉溝國家級自然保護區
4.山西歷山國家級自然保護區
5.山西五鹿山國家級自然保護區
中國東北
遼寧省(12)
1.遼寧省大連斑海豹國家級自然保護區
2.遼寧成山頭海岸地貌國家級自然保護區
3.遼寧蛇島-老鐵山國家級自然保護區
4.遼寧仙人洞國家級自然保護區
5.遼寧桓仁老頭頂子國家級自然保護區
6.遼寧白石砬子國家級自然保護區
7.遼寧省丹東鴨綠江口濱海濕地國家級自然保護區
8.遼寧醫巫閭山國家級自然保護區
9.遼寧雙臺河口國家級自然保護區
10.遼寧北票鳥類化石國家級自然保護區
11.遼寧努爾虎山國家級自然保護區
12.遼寧海棠山國家級自然保護區
吉林省(12)
1.吉林伊通火山群國家級自然保護區
2.吉林龍灣國家級自然保護區
3.吉林鴨綠江上遊國家級自然保護區
4.吉林省莫莫格國家級自然保護區
5.吉林向海國家級自然保護區
6.吉林天佛山治國家級自然保護區
7.吉林長白山國家級自然保護區
8.吉林達布蘇國家級自然保護區
9.吉林琿春東北虎國家級自然保護區
10.吉林查幹湖國家級自然保護區
11.吉林雁鳴湖國家級自然保護區。
12.吉林哈尼族國家級自然保護區
黑龍江省(21)
1.黑龍江紮龍國家級自然保護區
2.黑龍江興凱湖國家級自然保護區
3.黑龍江寶卿七星河國家級自然保護區
4.黑龍江饒河東北黑蜂國家級自然保護區
5.黑龍江林峰國家級自然保護區
6.黑龍江涼水國家級自然保護區
7.黑龍江三江國家級自然保護區
8.黑龍江紅河國家級自然保護區
9.黑龍江八岔島國家級自然保護區
10.黑龍江省撓力河國家級自然保護區
11.黑龍江牡丹峰國家級自然保護區
12.黑龍江五大連池國家級自然保護區
13.黑龍江呼中國家級自然保護區
14.黑龍江南甕河國家級自然保護區
15.黑龍江鳳凰山國家級自然保護區
16.黑龍江吳以嶺國家級自然保護區
17.黑龍江勝山國家級自然保護區
18.黑龍江雙河國家級自然保護區
19.黑龍江東方紅濕地國家級自然保護區
20.黑龍江珍寶島濕地國家級自然保護區
21.黑龍江紅星濕地國家級自然保護區
中國東部
山東省(7個)
1.山東馬山國家級自然保護區
2.山東黃河三角洲國家級自然保護區
3.山東長島國家級自然保護區
4.山東山旺古生物化石國家級自然保護區
5.山東濱州貝殼堤島和濕地國家級自然保護區
6.山東榮成天鵝國家級自然保護區
7.山東昆崳山國家級自然保護區
江蘇省(3個)
1.江蘇鹽城沿海灘塗珍稀鳥類國家級自然保護區
2.江蘇大豐麋鹿國家級自然保護區
3.江蘇泗洪洪澤湖濕地國家級自然保護區
上海(2)
1.上海九段沙濕地國家級自然保護區
2.上海崇明東灘鳥類國家級自然保護區
浙江省(9個)
1.浙江清涼峰國家級自然保護區
2.浙江天目山國家級自然保護區
3.浙江南麂列島海洋國家級自然保護區
4.浙江烏巖嶺國家級自然保護區
5.浙江大盤山國家級自然保護區
6.浙江古田山國家級自然保護區
7.浙江鳳陽山-百山祖國家級自然保護區
8.浙江九龍山國家級自然保護區
9.浙江長興地質遺跡國家級自然保護區
安徽省(6個)
1.安徽鷂落坪國家級自然保護區
2.安徽牯牛降國家級自然保護區
3.安徽揚子鱷國家級自然保護區
4.安徽金寨天馬國家級自然保護區
5.金聖湖國家自然保護區。
6.安徽銅陵淡水豚國家級自然保護區
江西省(7個)
1.江西鄱陽湖南麂濕地國家級自然保護區
2.江西桃紅嶺梅花鹿國家級自然保護區
3.江西九連山國家級自然保護區
4.江西武夷山國家級自然保護區
5.江西井岡山國家級自然保護區
6.江西官山國家級自然保護區
7.江西馬頭山國家級自然保護區
福建省(12)
1.福建廈門珍稀海洋生物國家級自然保護區
2.福建將樂龍棲山國家級自然保護區
3.福建天寶巖國家級自然保護區
4.福建深滬灣海底古森林遺跡國家級自然保護區。
5.福建漳江口紅樹林國家級自然保護區
6.福建虎豹寮國家級自然保護區
7.福建武夷山國家級自然保護區
8.福建涼葉山國家級自然保護區
9.福建梅花山國家級自然保護區
10.福建戴雲山國家級自然保護區
11.福建閩江源頭國家級自然保護區
12.福建君子峰國家級自然保護區
中國中部
河南省(11)
1.河南黃河濕地國家級自然保護區
2.豫北黃河故道濕地鳥類國家級自然保護區。
3.河南焦作太行山獼猴國家級自然保護區
4.河南南陽恐龍蛋化石群國家級自然保護區
5.河南伏牛山國家級自然保護區
6.河南寶天曼國家級自然保護區
7.河南雞公山國家級自然保護區
8.河南省東寨國家級自然保護區
9.河南省連康山國家級自然保護區
10.河南小秦嶺國家級自然保護區
11.河南丹江濕地國家級自然保護區
湖北省(10)
1.湖北青龍山恐龍蛋化石群國家級自然保護區
2.湖北神農架國家級自然保護區
3.湖北五峰後河國家級自然保護區
4.湖北石首麋鹿國家級自然保護區
5.湖北長江天鵝島白暨豚國家級自然保護區
6.湖北長江傻段白暨豚國家級自然保護區
7.湖北星鬥山國家級自然保護區
8.湖北九宮山國家級自然保護區
9.湖北七姐妹山國家級自然保護區
10.湖北洪湖濕地國家級自然保護區
湖南省(15)
1.湖南炎陵桃源洞國家級自然保護區
2.湖南東洞庭湖國家級自然保護區
3.湖南壺瓶山國家級自然保護區
4.湖南省張家界大鯢國家級自然保護區
5.湖南八大公山國家級自然保護區
6.湖南莽山國家級自然保護區
7.湖南永州都龐嶺國家級自然保護區
8.湖南小溪國家級自然保護區
9.湖南黃桑國家自然保護區。
10.湖南烏雲界國家級自然保護區
11.湖南鷹嘴街國家級自然保護區
12.湖南南嶽衡山國家級自然保護區
13.湖南界木溪國家級自然保護區
14.湖南陽明山國家級自然保護區
15.中國湖南八面山國家級自然保護區。
廣東省(11)
1.廣東南嶺國家級自然保護區
2.廣東車八嶺國家級自然保護區
3.廣東丹霞山國家級自然保護區
4.廣東內伶仃島-福田國家級自然保護區
5.廣東珠江口中華白海豚國家級自然保護區
6.廣東湛江紅樹林國家級自然保護區
7.廣東鼎湖山國家級自然保護區
8.廣東象頭山國家級自然保護區
9.廣東惠東海龜國家級自然保護區
10.廣東徐聞珊瑚礁國家級自然保護區
11.廣東省雷州珍稀水生動物國家級自然保護區
廣西壯族自治區(15)
1.廣西大明山國家級自然保護區
2.廣西花坪國家級自然保護區
3.廣西貓兒山國家級自然保護區
4.廣西山口紅樹林生態國家級自然保護區
5.廣西合浦營盤港-英羅港儒艮國家級自然保護區
6.廣西北侖河口國家級自然保護區
7.廣西防城山茶花國家級自然保護區
8.廣西十萬大山國家級自然保護區
9.廣西農剛國家級自然保護區
10.廣西大瑤山國家級自然保護區
11.廣西木倫國家級自然保護區
12.廣西錢嘉東國家級自然保護區
13.廣西王岑嶗山國家級自然保護區
14.廣西九萬山國家級自然保護區
15.廣西金鐘山黑頸長尾雉國家級自然保護區
海南省(9個)
1.海南三亞珊瑚礁國家級自然保護區
2.海南東寨港國家級自然保護區
3.海南銅鼓嶺國家級自然保護區
4.海南島海洋生態國家級自然保護區
5.海南大田國家級自然保護區
6.海南尖峰嶺國家級自然保護區
7.海南五指山國家級自然保護區
8.海南霸王嶺國家級自然保護區
9.海南吊羅山國家級自然保護區
中國西南
重慶(4)
1.重慶縉雲山國家級自然保護區
2.重慶大巴山國家級自然保護區
3.長江上遊珍稀特有魚類國家級自然保護區*
4.重慶金佛山國家級自然保護區
四川省(22個)
1.四川龍溪-虹口國家級自然保護區
2.四川白水河國家級自然保護區
3.四川攀枝花蘇鐵國家級自然保護區
4.四川花高溪國家級自然保護區
5.郎國家級自然保護區。
6.四川唐家河國家級自然保護區
7.四川馬邊大風頂國家級自然保護區
8.四川長寧竹海國家級自然保護區
9.四川蜂桶寨國家級自然保護區
10.四川臥龍國家級自然保護區(直屬國家林業局；範圍與四川汶川臥龍特別行政區相同)
11.四川九寨溝國家級自然保護區
12.四川小金寺姑娘山國家級自然保護區
13.四川若爾蓋濕地國家級自然保護區
14.四川貢嘎山國家級自然保護區
15.四川查青松多百裏鋪國家級自然保護區
16.四川亞丁國家級自然保護區
17.四川美姑大風頂國家級自然保護區
18.長江上遊珍稀特有魚類國家級自然保護區*
19.四川米倉山國家級自然保護區
20.四川雪寶頂國家級自然保護區
21.四川花峨山國家級自然保護區
22.四川海子山國家級自然保護區
貴州省(9個)
1.貴州習水中亞熱帶常綠闊葉林國家自然保護區。
2.貴州赤水桫欏國家級自然保護區
3.貴州梵凈山國家級自然保護區
4.貴州麻陽河國家級自然保護區
5.長江上遊珍稀特有魚類國家級自然保護區*
6.貴州草海國家級自然保護區
7.貴州雷公山國家級自然保護區
8.貴州茂蘭國家級自然保護區
9.貴州寬大水國家級自然保護區
雲南省(17)
1.雲南哀牢山國家級自然保護區
2.雲南高黎貢山國家級自然保護區
3.雲南大山包黑頸鶴國家級自然保護區
4.雲南大圍山國家級自然保護區
5.雲南金平流域國家級自然保護區
6.雲南黃連山國家級自然保護區
7.雲南文山國家級自然保護區
8.雲南無量山國家級自然保護區
9.雲南西雙版納國家級自然保護區
10.雲南西雙版納納板河流域國家級自然保護區。
11.雲南蒼山洱海國家級自然保護區
12.雲南白馬雪山國家級自然保護區
13.雲南南滾河國家級自然保護區
14.長江上遊珍稀特有魚類國家級自然保護區*
15.雲南瑤山國家級自然保護區
16.雲南會澤黑頸鶴國家級自然保護區
17.雲南永德大雪山國家級自然保護區
中國青藏地區
青海省(5個)
1.青海循化夢達國家級自然保護區
2.青海湖國家級自然保護區
3.青海可可西裏國家級自然保護區
4.青海龍寶國家級自然保護區
5.青海三江源國家級自然保護區
西藏自治區(9個)
1.西藏雅魯藏布江中遊黑頸鶴國家級自然保護區
2.西藏芒康雲南金絲猴國家級自然保護區
3.西藏珠穆朗瑪峰國家級自然保護區
4.西藏色林庫國家級自然保護區
5.西藏羌塘國家級自然保護區
6.西藏雅魯藏布江大峽谷國家級自然保護區
7.西藏察隅茨壩溝國家級自然保護區
8.西藏拉魯濕地國家級自然保護區
9.西藏烏齊馬鹿國家級自然保護區
中國西北
陜西省(9個)
1.陜西周至國家級自然保護區
2.陜西太白山國家級自然保護區
3.陜西長青國家級自然保護區
4.陜西佛坪國家級自然保護區
5.陜西牛背梁國家級自然保護區
6.陜西漢中朱鷺國家級自然保護區
7.陜西子午嶺國家級自然保護區
8.陜西華龍山國家級自然保護區
9.陜西天華山國家級自然保護區
甘肅省(13)
1.甘肅興隆山國家級自然保護區
2.甘肅祁連山國家級自然保護區
3.甘肅敦煌西湖國家級自然保護區
4.甘肅安溪極度幹旱荒漠國家級自然保護區
5.甘肅民勤連城國家級自然保護區
6.甘肅白水江國家級自然保護區
7.甘肅蓮花山國家級自然保護區
8.甘肅尕海-則岔國家級自然保護區
9.甘肅太統-崆峒山國家級自然保護區
10.甘肅連城國家級自然保護區
11.甘肅小隴山國家級自然保護區
12.甘肅鹽池灣國家級自然保護區
13.甘肅安南壩野駱駝國家級自然保護區
寧夏回族自治區(6)
1.寧夏賀蘭山國家級自然保護區
2.寧夏沙坡頭國家級自然保護區
3.寧夏羅山國家級自然保護區
4.寧夏靈武白芨灘國家級自然保護區
5.寧夏六盤山國家級自然保護區
6.寧夏哈巴湖國家級自然保護區
新疆維吾爾自治區(9個)
1.新疆阿爾金山國家級自然保護區
2.新疆羅布泊野駱駝國家級自然保護區
3.新疆巴音布魯克國家級自然保護區
4.新疆托木爾峰國家級自然保護區
5.新疆西天山國家級自然保護區
6.新疆甘家湖梭梭國家級自然保護區
7.新疆哈納斯國家級自然保護區
8.新疆塔裏木胡楊國家級自然保護區
9.新疆艾比湖濕地國家級自然保護區
中國蒙古地區
內蒙古自治區(23個)
1.內蒙古賽罕烏拉國家級自然保護區
2.內蒙古達裏諾爾國家級自然保護區
3.內蒙古白銀敖包國家級自然保護區
4.內蒙古黑裏河國家級自然保護區
5.內蒙古大黑山國家級自然保護區
6.內蒙古大興安嶺汗馬國家級自然保護區
7.內蒙古紅花爾基樟子松林國家級自然保護區
8.內蒙古回鶻國家級自然保護區
9.內蒙古達賚湖國家級自然保護區
10.內蒙古科爾沁國家級自然保護區
11.內蒙古圖牧吉國家級自然保護區
12.內蒙古大青溝國家級自然保護區
13.內蒙古錫林郭勒草原國家級自然保護區
14.內蒙古鄂爾多斯海鷗國家級自然保護區
15.內蒙古西鄂爾多斯國家級自然保護區
16.內蒙古烏拉特梭梭林-蒙古野驢國家級自然保護區
17.內蒙古賀蘭山國家級自然保護區
18.內蒙古額濟納胡楊國家級自然保護區
19.內蒙古阿魯科爾沁草原國家級自然保護區
20.內蒙古哈騰套海國家級自然保護區
21.內蒙古埃爾貢國家級自然保護區
22.內蒙古鄂托克恐龍化石國家級自然保護區
23.內蒙古大青山國家級自然保護區