關於生態旅遊的爭論很多，對於生態旅遊的內涵也是眾說紛紜。但是，生態旅遊的目標已經基本得到認可。主要包括:壹是保持旅遊資源利用的可持續性；第二，保護旅遊目的地的生物多樣性；第三，為保護旅遊目的地的生態環境提供資金；第四，提高旅遊目的地居民的經濟效益；第五，增強旅遊區社區居民的生態保護意識。袁晶設計院認為，為了更好地實現這壹目標，生態旅遊應該鼓勵當地居民積極參與，以促進當地經濟的發展，提高當地居民的生活質量。只有經濟發展了，才能真正重視和保護自然；同時，生態旅遊還應強調對旅遊者的環境教育，生態旅遊的管理者應更加關註和保護自然。
世界旅遊組織秘書長弗蘭加利在世界生態旅遊峰會的發言中指出，“生態旅遊及其可持續發展肩負著三大緊迫使命:激發經濟活力，減少貧困；社會應為最弱勢群體創造就業機會；環境應為保護自然和文化資源提供必要的財政資源。生態旅遊的所有參與者都必須為齊新的這三個重要目標而共同努力。”。