多頭領導、條塊分割，不能形成統壹有效的規劃和管理機制，是長期以來阻礙自然保護區開發保護工作全面展開的重要原因。為此，自然保護區應建立起統壹的縱向分級管理體制。以林業部門管理的自然保護區為例，國家級自然保護區由國家林業局管理，省級自然保護區由省(區)級林業廳(局)管理，縣級自然保護區由縣級林業局管理。國家局僅管理總體規劃、壹級保護對象、核心區的審批;省級主管部門負責二級保護對象、緩沖區的審批;縣級主管部門負責省級保護對象、實驗區的審批，並且各自有壹定範圍的林地審批權。同時由省級主管部門監督實施總體規劃，直接管理包括規劃、審核、計劃、投資、評價、人事、考核、培訓等內容。5
在開發時，應貫徹“全面規劃、積極保護、科學管理、永續利用”的方針，根據自然保護區功能分區的理論與原則，在堅持“保護第壹”的前提下，因地制宜、統壹規劃與布局，正確處理保護與開發、旅遊與教育、資源保護區與社區發展等關系。規劃壹經審批，要分年度、分項目“按部就班”地實施，壹項壹項地落實，年年積累，循序漸進，而不能敷衍了事，監督部門也應將職責落實到位，責任落實到人，權責分明才能使保護區的保護管理落到實處。
2、 經營權從管理權中分離出來，按照市場規律運作。
既然要對保護區進行旅遊資源的開發，某種程度上講就要將保護的主體推向市場，納入市場經濟的軌道。那麽，其經營運作就必須遵循市場經濟規律。但由於自然保護區的自然資源作為獨特的旅遊資源又不同於市場上壹般的資源。因此，在市場經濟條件下，還要對其進行嚴格的限制與管理。這樣，就要求將保護區旅遊資源開發的經營權從管理權中剝離出來，將經營權交給有經驗、有實力的市場主體，才能最大限度地發揮自然保護區的經濟價值。如黃山旅遊股份公司成立後，其保護費投入由原來壹年的200萬飆升至上市之後2500萬。而保護區管理機構由於專註於對保護區內自然資源的保護管理，也強化了管理職責，加大了保護力度。原先管理機構同時擁有開發和保護兩項職權，在開發過程中既做運動員又做裁判，當自然資源的保護與開發的經濟利益發生沖突時，本該以保護為第壹天職卻因考慮到眼前利益而舍棄保護區的可持續發展的長遠利益。
出讓景區經營權並不壹定造成資源破壞，而真正的破壞往往是規劃不周、認識不足、政府部門監管不到位。我國目前對景區經營權的轉讓問題還沒有相關的法律規範。通常的做法是企業與景區所在地方主管部門簽訂開發經營協議，其他利益主體並未參與協議的商定，這樣壹來，很容易引發生態資源利益受損或尋租行為。因此，首先要根據各保護區的不同情況，確定哪些可以轉讓。在轉讓時，應讓各方利益主體都參與進來，對經營者的資質要科學審核，合同中也應對經營者的責任和義務應有明確細致的規定。比如規定企業的營業收入中，必須拿出壹定比例用於景區保護;合同期滿後，景區保護水平必須不低於壹定的指標;經營期間，應嚴格遵守景區總體規劃，應根據環境承載力來合理確定客流量;在項目增設過程中，應遵守國家相關法律法規，且必須經過國家有關方面及專家的嚴格論證等。
3、 建立起相關的政策引導機制。
在保護區的投資開發上，政府的投資應主要集中於基礎設施建設、環境保護等公***領域及民間資本不願意介入的公益性領域，而經營性投資則可以由民間資本來實現。民間資本追求的是利益的最大化，政府可以通過利益機制的引導，對企業的行為進行約束，充分發揮其有利於資源保護的方面。從壹些用景區資源上市的公司經營報告中可以發現， 獲得經營權的公司要上交營業稅和所得稅，而上市公司募集的資金又必須盡早贏利以回報股東們，因此公司不得不把資金投向最能並且最快贏利的領域，主要是賓館、遊樂場等。而自然保護區的開發又要求必須最大限度地減少人工的痕跡。對此，相關部門應當賦予開發經營主體壹定的優惠政策來拉動和扶持旅遊業的發展，如銀行貸款、減免稅費、技術輔導等。
而在控制汙染方面，則可以通過環境經濟政策迫使企業減少汙染以及對保護區生態環境的破壞。我國目前主要采用的就是對涉及到的飲食、娛樂、服務企業征收排汙費。此外，還可以通過稅收政策鼓勵保護區內廢物的循環利用，最大地減少廢物產生，提高資源的綜合利用率;對於廢物回收再利用者也應給予政策優惠或資金獎勵。據經合組織(OECD,1996)統計，OECD國家押金—退款制度主要應用於飲料包裝方面，返還率介於40%-100%，平均返還率近80%。5而目前我國大部分旅遊區基本還沒有推廣押金制，可見其發展空間還很大。