漠河縣屬於寒溫帶大陸性氣候，是中國氣溫最低的縣份。冬季受大陸季風和蒙古高壓控制，強烈的冷空氣自西向東推進，降水驟降，異常寒冷，嚴寒期長，l、2、3、11、12月份平均氣溫在2.2℃～-28℃之間，當太平洋阿留申低壓盛行時，海陸間氣壓梯度加大，氣溫急劇下降，氣溫壹般在-40℃以下，盛行偏西或西北風。
春季，當貝加爾湖、蒙古低壓向東移動經過縣境時，為大風出現最多的季節。4月、5月份大風風速月平均1.8米/秒，幹旱少雨。
夏季，漠河縣處於大陸低壓東北部，當太平洋副熱帶高壓攜帶暖濕氣流由南向北推進與之匯合，使氣溫升高、降水增多。7月氣溫最高，月平均氣溫壹般在18.1℃以上，由於地形復雜，太陽輻射強，空氣濕度大，易產生地方性小範圍對流團，易出現局部地區降、雷陣雨天氣。
秋季，貝加爾湖低壓東移，冷空氣活動頻繁，氣溫急劇下降，8月、9月份出現霜凍，降水減少，秋高氣爽，“五花山”開始出現。
季節的劃分：根據1934年中國專家張寶堃提出新的分季標準，冬季漠河平均氣溫（連續5天氣溫的平均）穩定到10℃以下。夏季，穩定升到22℃以上，作為夏季開始。春季，平均溫度從10℃以下穩定升到10℃以上。秋季從22℃以上穩定降到22℃以下。按照天氣氣候角度來劃分漠河的四季，漠河縣的冬季漫長，可達8個月，長達240天左右，在1——5、10——12月份平均氣溫為0.3℃～-28.7℃。漠河沒有夏季，春秋兩季相連，在6、7、8、9月份平均氣溫為7.5℃～18.1℃，120天左右。