申請方法因申請人所在地而異:
(壹)申請人在大陸的，由其在臺灣的父母、配偶或子女代為向臺灣省出入境管理局申請；如申請人由臺灣其他親友代理，應附父母、配偶或子女或探視病人的委托書。
(2)申請人已抵達香港，向香港金鐘道89號奔達中心東樓“中國旅行社”或九龍何文田自由大道2號“大陸同胞來臺服務辦公室”提出申請，轉“環境管理局”辦理旅行證。臺灣喪主在死者去世後6個月內只能提出壹次申請。
申請人入境臺灣時必須持有在第三地區有效的“再入境許可”或再入境簽證，有效期至少2個月，並持有有效期至少2個月的旅行證和回程機票。否則，臺灣海關可以將申請人驅逐出原飛機。臺灣環境管理局的壹名官員聲稱，只要申請文件齊全，5-7天內就可以拿到“赴臺旅遊證”。
2.向中國大陸公安機關提供與申請理由相對應的證明。
(1)申請探親訪友，須提臺灣省親友關系證明和臺灣省親友邀請證明；
(2)申請落戶的，應當提交經公證的婚姻狀況證明；
③辦理婚姻事務，須提交經公證的婚姻狀況證明；
(四)接收和處分財產，應當提交經公證的財產合法權利證明；
⑤辦理親友喪事，應提交相關通知和信函；
⑥參加經濟、科學、文化、教育、體育、學術等活動，須提交臺灣省有關機構、團體和個人的邀請或同意證明。
3.辦理申請人經香港前往臺灣的相關手續。
中國大陸公民前往臺灣省，必須向其戶口所在地的縣、市公安機關出入境管理部門提出申請，並履行下列手續:
(1)提交本人戶籍或其他戶籍證明；
(2)提交臺灣地區親友邀請赴臺灣省探親、探病、喪事、定居，或者赴臺進行學術交流等事務的相關證明；
(3)提交申請人赴臺灣省所在單位的意見。無工作單位的，提交戶籍所在地鄉、鎮人民政府或者街道辦事處、公安派出所的證明；
(4)填寫申請表，交近期2寸照片4張。
應邀赴臺進行學術交流的大陸公民，須先向所在工作單位提出申請，由所在工作單位向上級主管部門申報，省級主管部門報國務院臺灣事務辦公室審批。獲得批準後，申請人持國務院臺灣事務辦公室同意證明向戶籍所在地的縣或者市公安機關出入境管理部門提出申請。公安機關出入境管理部門確認大陸公民可以前往臺灣省；
(1)臺灣省有關部門簽發的入臺許可證名稱；
(2)香港中國旅行社確認已完成入境手續的通知。
大陸公民在獲得批準後，無論是去臺灣探親、看望病人、參加葬禮或定居，還是去臺灣進行學術交流或辦理其他事務，都將被簽發《大陸居民往來臺灣通行證》，其證件也將被“簽註”有效期。兩岸直航後，大陸居民持此證可直接從大陸或經香港、澳門前往臺灣省。
4.臺灣省入境手續
臺灣省入境證是臺灣省當局發給大陸居民的大陸同胞往來證件。本證書的申請應在申請出境證書之前完成。本文件由臺灣省親友向位於臺北博愛路的臺灣省公安廳出入境管理局申請。申請文件由大陸居民填寫《旅行證申請表》，在臺灣省申請《承諾書》，由臺灣省戶籍人員出具《保證書》。宣誓書是指保證在臺灣停留兩個月，限期離開臺灣，遵守當地法律法規。“擔保”是擔保人的責任；第壹，保證保證人在臺期間不從事違法活動；二是保證被保證人在臺期間的生活費；三是陪同擔保人在再次入境後3日內到派出所進行流動人口登記；第四，如果保證人在期限內離開臺灣或有違法行為，應配合臺灣省當局將保證人遞解出境。
《大陸同胞往來港澳通行證》申請獲得批準後，臺灣省出入境管理局將《大陸同胞往來港澳通行證》正本寄送至香港金鐘奔達中心89號東翼四樓中國旅行社，以便轉交大陸居民；旅行證復印件寄給大陸居民在臺灣的親友，原件已寄到香港。大陸親屬可持此復印件及兩張香港簽發給大陸親屬的入境許可證，到香港中旅領取入臺旅遊許可證原件。
大陸公民辦理入臺手續，可以委托港中旅代辦。香港中國旅行社在接到赴臺人員的委托後，將協助辦理經香港前往臺灣省、經香港返回大陸的香港再入境手續。臺灣省親屬已辦理赴臺人員入境手續的，將復印件寄送至香港中國旅行社。經香港中旅核實後，他們會通知赴臺人員所在省、自治區、直轄市的中旅，並告知當地省、自治區、直轄市公安廳、局。市、縣公安局出入境管理部門接到通知後，視為大陸公民已辦妥入臺手續，將依法受理申請、審批發證。然後，赴臺人員可以將結果告知當地省、自治區、直轄市的中國旅行社，或者直接告知香港的中國旅行社，香港的中國旅行社可以告知赴臺人員在臺灣的親屬。
5.香港的出入境手續
大陸人去臺灣和返回都要經過香港，所以也需要辦理進出香港的手續。赴臺人員可在香港羅湖口岸設點，辦理大陸公民經香港赴臺的相關手續。香港要求辦理相關手續必須滿足以下條件:
(1)必須持有“大陸居民往來臺灣通行證”；
(2)必須像臺灣許可證證書；
(3)須由臺灣省至香港的往返機票或往返機票證明。
凡沒有入境許可復印件的，需委托辦理機票，可直接辦理，也可聯系內地中國旅行社辦理，或委托深圳口岸中國旅行社辦理出境簽證。凡有香港中國旅行社出具的入境手續已辦完，機票已訂好的證明，香港就辦理相關手續。
持上述證件赴臺灣省後的人員，壹出深圳，進入香港羅湖，即辦理香港再入境手續。香港從第壹次入境到再次入境的有效期為3個月。第壹次入境香港，第二次從臺灣省入境香港，停留期限各為7天。如因特殊原因不能延期，香港也規定在羅湖辦理再入境手續時必須提交入境許可復印件和往返機票。如果提交往返機票有困難，港中旅可以提前預訂機票，由港中旅出具證明後再辦理。6月1993日，香港政府宣布了壹項新措施。當年8月1起，持雙程證過境臺灣省並從臺灣省返回大陸的大陸居民，經香港可免簽證停留7天。但必須提交相關證明。
由於大陸公民經香港前往臺灣省需在羅湖口岸辦理相關手續，大陸公民經香港出境口岸只能是廣東深圳口岸。深圳口岸中國旅行社聯檢大樓設立了大陸公民赴臺服務辦公室。