大眾旅遊不利於生態環境的保護，不利於環境保護的責任，不利於利益相關者之間利益的公平分配。生態旅遊是實現可持續旅遊的壹種發展模式。與大眾旅遊相比，生態旅遊更註重對當地自然和文化的保護以及對遊客的教育。其消費高於國內大眾旅遊，是高層次的旅遊活動。所以從中國目前的情況來看，生態旅遊應該是專業化的，但是特殊的專業化能帶來保護資源所需的大量資金嗎？中國的生態旅遊正處於發展的初級階段，各方面都不成熟，發展還受到很多限制。它的接待人數和經濟收入是主要考核指標，真正的生態旅遊恐怕很難擔負起這個重任。因此，這就造成了生態旅遊的特殊性和經濟效益之間的矛盾。這方面的案例是以國家重點風景名勝區張家界武陵源為背景，為了經濟利益，無節制、超容量的開發。
(二)生態旅遊目的地千差萬別，認證標準難以統壹。
在日益嚴重的生態旅遊現象的推動下，許多專家學者致力於生態旅遊的認證和標準制定，以期能夠在全國乃至全世界通行。通過這個認證標準的是生態旅遊景區，建設生態旅遊示範基地，統壹規範“混亂”的生態旅遊市場。然而，隨著生態旅遊的發展，生態旅遊標準的發展呈現出多元化的特點，認證項目急劇增加，但只有少數國際標準正在形成和推廣。基於國外經典認證體系的認證體系還有很多，但盲目采用發達國家的標準不利於我國生態旅遊的發展和引導。不同的生態旅遊目的地資源特征不同，認證的關鍵和核心要素也不同，很難在全國範圍內建立統壹的標準。
(三)缺乏對旅遊者的環境倫理教育
目前，中國的生態旅遊已經到了壹個臨界點。依靠旅遊法律法規只是壹種奢望，總有遊客置之不理。與真正的生態旅遊者相比，大多數所謂的“生態旅遊者”的生態意識很少或只有表面的生態意識，具有簡單的環境責任感，其旅遊行為與大眾旅遊者相似，足以證明我國對旅遊者環境倫理教育的缺失。在中國，無論是生態旅遊的實踐，還是生態旅遊環境教育的實踐，都落後和落後於國外。生態旅遊在中國的迅速普及多年來日益泛化和異化，生態旅遊在環境保護和環境教育方面沒有發揮應有的作用，反而陷入了“破壞生態”的尷尬境地。另壹方面，社區居民也是生態環保的關鍵，處理好社區參與問題不利於環境保護和生態旅遊。在生態旅遊景區的規劃中，缺乏關於環境教育的引導和標識，使得大多數生態旅遊者的行為與大眾旅遊者無異。
(四)生態旅遊的管理模式不成熟。
生態旅遊管理的主要對象是政府、企業、社區、自然保護區和生態旅遊者，它們構成了生態旅遊的利益相關者。由於我國生態旅遊正處於發展的初級階段，發展的各個方面都受到諸多限制:我國政府關於生態旅遊開發、建設、保障、檢測的政策法規尚未建立；無論是生態旅遊產品開發的理論與實踐，還是生態旅遊管理人才的培養，都沒有適合企業的優化模式。社區是被動的接受者，教育、培訓和參與旅遊的利益分配機制不健全；自然保護區的設施、環評、容量控制等問題沒有解決；中國公民的生態意識有待提高，對其行為和教育的引導和約束不夠完善。可見，我國生態旅遊的管理模式還不成熟，還處於初級培育階段。