最劃算可能就算是JR Free Pass了，不過看題主的描述，好像是沒買…
所以簡單計算壹下，按照從難波出發來計算，
第壹天往返京都，約1600日元/人。
第二天往返奈良，約1500日元/人。
第三天在大阪，不發生交通費
理論上，兩天下來花在電車上的交通費只有3100日元/人。
但是實際上，到了京都，可能在景點之間移動，還需要乘坐巴士等。算下來，交通費就上去了。
題主提到的大阪的周遊券，貌似，只能在大阪區域內使用，所以暫時不考慮。
另外壹種叫做「スルッとKANSAI」的，既可以乘坐電車又能坐巴士的套票。兩日券是每個人4000日元，三日券是5200日元，題主可以根據自己的計劃和具體情況考慮壹下。
因為貼吧發網址會被審查，所以詳細內容還請題主搜索「スルッとkansai 2day」自己看看，網頁最上方有中文選項。