2001年由當時的國家旅遊局、國家計委、國家環保總局***同提出，***同制定認定標準，經相關程序***同評定的榮譽稱號。
2007年7月，國家旅遊局、國家環境保護總局***同授予東部華僑城“國家生態旅遊示範區”的榮譽稱號，東部華僑城成為中國首個獲得此項殊榮的旅遊區。同年，發布了《東部華僑城國家生態旅遊示範區管理規範》。
2008年11月，全國生態旅遊發展工作會議在北京召開，當時國家旅遊局在制定《全國生態旅遊示範區標準》，並在會上發布了征求意見稿。
2010年由國家旅遊局提出，聯合環保部和兩家機構起草了《國家生態旅遊示範區建設與運營規範(GB/T26362-2010)》。
2012年9月，由國家旅遊局和環境保護部聯合制定了《國家生態旅遊示範區管理規程》和《國家生態旅遊示範區建設與運營規範(GB/T26362-2010)評分實施細則》，並頒布實施。
2013年12月，國家旅遊局、國家環保部公布了2013年國家生態旅遊示範區名單 ，***39家。