1934年，偽滿洲國實行帝制，“滿洲國”改為“滿洲國帝國”。1年3月，溥儀在秦敏樓舉行登基大典，由“執政”改為“皇帝”，“治政”改為“內廷”，俗稱“內廷”。此後，偽滿皇宮得到大規模擴建。
從1934到1940這七年間，先後修建了懷遠樓、同德堂、東禦園、防空地下室、假山、樂嘉堂、建國寺。
1945年八月，滿洲國崩潰後，皇宮內的侍衛、護衛、雜工及周邊民眾趁亂劫掠皇宮，造成了壹定的破壞。
國民黨統治東北期間，偽滿皇宮成為松北聯眾的校舍和國民黨六十軍的駐地。
從1949開始，偽滿皇宮先後成為沈陽重工機械學校、第壹汽車廠技術學校、吉林省文化幹部學校、吉林省政法幹部學校、吉林省農業展覽館、吉林省公安總隊幹部培訓班、長春第二非金屬材料試驗機廠等單位的駐地，大量居民也搬進了偽滿皇宮。在此期間，除了宮殿的主要建築外，壹些原有建築被拆除，壹些新的房屋被建造，偽滿皇宮的原貌已經消失。
1954年底，吉林省博物館由吉林市遷至長春市，暫設在偽滿皇宮內，以同德殿、樂嘉殿、書畫樓為館舍。
1962年7月，時任中共宣傳部副部長的周揚作出“偽滿皇宮由文化部門管理，成為陳列中國末代皇帝前半生和日本帝國主義侵略東北罪行的場所”的指示。吉林省委常委會作出1962 12 12 1的決定:“同意將偽故宮遺址移交省文化局籌辦展覽館。”同年2月24日，65438+吉林省偽皇宮展覽館成立。當時的外國博物館名為:日本帝國主義侵略中國東北14年罪行陳列館。
7月28日，1964，吉林省委宣傳部、吉林省文化局決定將吉林省偽故宮展覽館與吉林省博物館合署辦公。
1981年，吉林省人民政府公布偽滿皇宮舊址為吉林省重點文物保護單位。
1982年8月4日，吉林省組委會以74號文件(1982)發布了《關於恢復偽滿皇宮展覽館並增加省博物館自然部編制的批復》。同意恢復偽滿皇宮展廳，列員工58人。65438+2月21日，文物局召開會議，決定文物商店將收購的日本繪畫、瓷器和偽滿皇宮遺物劃撥給展覽館。
1982年8月6日，經吉林省人民政府批準，修復吉林省偽故宮展覽館，從長春市第二非金屬材料試驗機廠接收偽故宮舊址作為館址。1984年期間，偽滿皇宮核心區的主要建築如秦敏樓、雞西樓等相繼修復並對外開放，開放面積不足偽滿皇宮舊址原面積的十分之壹。
2000年7月，吉林省委、吉林省人民政府決定將偽滿皇宮舊址移交長春進行屬地管理。2001年2月，吉林省偽滿皇宮展覽館更名為“偽滿皇宮博物院”。現在這個單位屬於長春鏡月經濟開發區。根據省、市政府確定的“用三年時間恢復偽滿皇宮原貌”的工作目標，在市委、市政府的大力支持下，從2001開始，該館搬遷了偽滿皇宮保護區內的4個省級文博單位、3個市場、2所學校、2個工廠、1個加油站、600多戶居民；陜西路拓寬，廣福廣場、南停車場建成，徹底解決了周邊環境臟、亂、差的問題。
2007年5月24日，偽滿皇宮博物院被人事部、國家文物局授予全國文物系統先進集體榮譽稱號。同年5月8日，被授予國家AAAAA級旅遊景區和全國優秀愛國主義教育基地。
2006年9月18日，“勿忘“九壹八——日本侵略中國東北史實”展覽在東北占領史陳列館正式展出。
2013 10 1由偽滿皇宮博物院和故宮博物院聯合舉辦的“金五彩宮苑——故宮琺瑯藏品特展”在偽滿皇宮展出。此次展出的文物是從故宮博物院收藏的琺瑯文物中精選出來的珍品，完整再現了清代琺瑯藝術的發展歷程。
2013 12 13吉林省委宣傳部、長春市委宣傳部、吉林省社會科學界聯合會、長春市社會科學界聯合會授予長春文化論壇列入省市社會科學普及基地和長白山論壇在偽滿故宮博物院的連接點的授牌，由偽滿故宮博物院發起並主辦的大眾性、公益性長春文化論壇正式啟動。