2002年正式建系，其黨政工作由歷史學系兼管。1995年獲準設立旅遊管理碩士點，為上海最早培養旅遊管理碩士的高校之壹。2005年，與管理學院合作申請旅遊管理博士點成功，並於2006年開始招收旅遊管理博士研究生。
旅遊學系自建立本科專業以來，除承擔本系的本科生、碩士生（含單招碩士）和博士生的培養任務外，還承擔復旦大學網絡教育學院和復旦大學繼續教育學院旅遊管理本科、會展管理本科的教學工作，並先後與海南大學、河南省旅遊局、浙江省旅遊培訓中心、寧波市旅遊局、舟山市組織部等單位合作，開辦旅遊管理碩士課程進修班。在科研方面也做出了重大成績，僅近幾年就主持承擔了國家社科/自然科學基金科研項目4項，省部級項目7項以及其它眾多橫向課題，主編出版4套大學教材，1套旅遊管理研究叢書，國內首套旅遊MBA著作叢書，出版系學術刊物《復旦旅遊學集刊》，獲上海市哲學社會科學優秀成果獎2項，上海市政府決策咨詢獎1項。已形成學科門類較為齊全、學科特色較為明顯，具有開拓創新的學科特色。