農家生態旅遊在給鄉村旅遊地經濟發展帶來促進作用的同時，也帶來壹些不利影響，表現為：
（1）過分依賴農家生態旅遊也可能會因旅遊業的高度敏感性、脆弱性而導致區域經濟發展的不穩定性。
（2）農家生態旅遊業發展可能導致對區域產業結構的不利影響。如棄農從遊，農副產品數量下降，價格上揚，影響區域發展和引起當地居民不滿。
（3）農家生態旅遊業發展也可能同其他旅遊業發展壹樣，引起旅遊地物價和地價上漲，造成當地居民支出費用增大。