對生態旅遊區進行功能分區時，主要有以下原則：
（1）基於區域內不同環境背景所能承受的幹擾程度和適宜性原則進行分區。這壹原則可實現重點對象保護與遊客需求滿足的協調。目前，已普遍被用於以自然保護區為生態旅遊開發對象的區域，分區模式包括同心圓模式、三圈層、四區塊和五圈層模式。
（2）基於區域生態環境現狀和資源價值不同的原則進行分區。按照這種分區原則可以分為開發區、科研區、治理區和監測區。
（3）基於區域內植被景觀特征與其所能賦予不同的情調為原則進行分區。不同的植被景觀可賦予遊客不同的生態回歸情感，如親近自然與回歸自然。