三期擴建654.38+0.75萬t/d汙水處理主要接納馬山片區未接管的自然村生活汙水和馬尾片區生物醫藥片區部分新引進企業的生產生活汙水。三期工程主要采用膜生物反應器(MBR)工藝,出水采用二氧化氯消毒,汙泥脫水采用帶式濃縮和壓濾。