海島生態旅遊的開發遵循壹定的科學原則顯得尤為重要。從國內外海島生態旅遊發展的理論和實踐來看，制定其生態旅遊規劃，實施生態旅遊開發時，主要應遵循以下原則：
1.永續利用原則。“永續利用”是時代的產物，它是壹種使人類在開發旅遊資源時不但顧及當代人的經濟需要，而且還顧及不對後代人進壹步需要構成威脅和危害的發展策略。盡管它不意味著為後代和將來提供壹切，造就壹切，但它卻通過對經濟效益、社會效益、生態效益三者的協調，使當代人用最小的代價獲取最大的旅遊資源利用，造福子孫後代。
2.保護性開發原則。要使海島生態旅遊資源可持續利用，就必須加強對旅遊資源的保護。針對其生態旅遊資源的開發而言，開發和保護的關系應體現總的原則是：開發應服從保護，在保護的前提下進行開發。資源得到妥善保護，開發才能得到收益；開發取得收益，反過來可促進保護工作。但是，壹旦開發與保護出現矛盾，保護對開發有絕對否決權。
3.特色性原則。海島生態旅遊資源貴在稀有，其質量在很大程度上取決於它與眾不同的獨特程度，即特色。有特色，才有吸引力；有特色，才有競爭力，特色是旅遊資源的靈魂。
4.協調性原則。海島生態旅遊資源開發必須與整個生態區的環境相協調，既有利於突出各旅遊資源的特色，又可以構成集聚旅遊資源的整體美，使遊客觀後感到舒適、自然。
5.經濟效益、社會效益和環境效益相統壹的原則。市場經濟就是追求效益最大化，海島生態旅遊作為旅遊的壹種形式，也追求效益最大化，但這個效益不僅是指經濟效益，還包括社會效益和生態效益，三者必須高度地協調統壹。而當三者出現矛盾時，以生態效益和社會效益高於壹切為指導原則，即經濟效益必須從屬於上述兩種效益。實際上，當生態效益和社會效益達到最大化、最優化時，其經濟效益肯定也是相當可觀的。