日本政府事實上已經承認1905年擅自將獨島(日本稱：竹島)編入島根縣的做法並不合法，而且獨島為日本固有領土的主張也純屬虛構。1877年明治政府在“太政官指令”上明確承認“獨島和郁陵島不是日本領土”。 太政官是日本明治時期最高國家機關，《太政官指令》是指太政官調查獨島和郁陵島歸屬主權問題後，於1877年3月向內務省和島根縣下達的國家文件。該文件中明確記載“獨島和郁陵島並非日本領土”。韓國學術界把該文件看作是日本政府正式承認獨島歸屬韓國的“具有決定性的歷史鑒證”。
日本外務省最近就此回復說：目前無法答復。日本外務省本次的回復事實上等於承認日本之前對獨島領土權的主張毫無根據。此前日本聲稱，至少到17世紀中葉日本對獨島進行了實效性支配並擁有領土權，而且1905年通過內閣決定再次確認了領土權。
韓聯社質疑書的主要內容包括：是否清楚《太政官指令》的存在；如果知道該文件，為何至今壹次也未提及與獨島領土權問題有重要關系的《太政官指令》；按照《太政官指令》，日本政府之前提出的“至少到17世紀中葉日本擁有獨島領土權”的主張等於虛構；1905年將獨島編入島根縣行政管轄內時，是否故意隱瞞《太政官指令》，等等。
韓聯社發去質疑書後，日本外務省數次表示“在研究有關問題等候答復”，壹再回避回答問題或拖延時間。直到60天後的11月13日發來答復說：知道《太政官指令》的存在；對於其歷史事實正在進行調查和分析，目前無法從政府的角度發表看法。
《太政官指令》中記載，“獨島和郁陵島並非日本領土”。
這是日本政府首次正式承認《太政官指令》的存在，並對此表明立場。韓聯社援引世宗大學壹位不願透露姓名的日籍教授的話表示，日本政府和禦用學者們在過去數十年壹直有意隱藏《太政官指令》的存在，隱瞞了國際社會以及日本國民。因為日本擔心，壹直以來主張的“獨島為日本固有領土”的說法被不攻自破。日本政府如果承認《太政官指令》，等於承認1905年將獨島編入日本領土是無視《太政官指令》的帝國主義掠奪行為，因此今後不能承認該指令，也不能反駁該指令。不過，日本也有可能拿出能夠抵充太政官文件的其他記錄，或編造有關事實。
韓國仁荷大學國際法教授李碩宇表示，韓日之間的獨島領土權紛爭從國際法來看，韓國必須證明日本1905年將獨島編入其領土時，獨島是韓國領土。《太政官指令》是支持韓方主張的決定性文件，相反對日本是“阿喀琉斯之踵”。
另外 106年前的1900年10月25日大韓帝國制定了“則令第41號”，規定獨島為郁陵島管轄區域。壹直研究獨島主權問題的世宗大學教授保阪祐二24日公開了日本人制造的2份古地圖復印件，其中獨島被標記為韓國領土。這次公開的地圖是日帝強占韓半島後將獨島劃為自己領土之前制作的，因此意義重大。
保阪教授公開的地圖是1882年“東京府士族（武士階級）鈴木敬作”制作的《朝鮮國全圖》和大須賀龍潭於1893年制作的 《大日本全圖》。兩個地圖都出自日本人之手，但《朝鮮國全圖》中標記了郁陵島（竹島）和獨島（松島），而《大日本全圖》中則沒有獨島和郁陵島。
雖然現在日本將韓國獨島稱作“竹島”，但是從17世紀中期到1905年為止壹直將郁陵島稱作竹島，將獨島稱作為“松島”。保阪教授稱：“日本地圖甚至在下端用四角形表示了1871年合並到本土的沖繩和1876年歸屬的小笠原諸島，但是沒有出現獨島和郁陵島。由此可以看出，日本主張的‘17世紀中期就開始擁有獨島 ’純粹是謊言。”
他還說：“在同壹時期日本人制作的韓國地圖中標記了兩個島正確的位置。這是當時日本社會承認郁陵島和獨島是韓國領土的證據。”保阪教授本月19日訪問了慶北郁陵島、獨島博物館，捐贈了兩個地圖的復印件。日本在1905年的閣僚會議中將獨島規定為無人島，並決定編入島根縣。此後才出現將獨島標記為日本領土的地圖。
其他記載獨島為韓國領土的日本古籍
《隱州視聽合記》(1667)，《朝鮮國交際始末內探書》(1869年日本外務省)，《太政宮決定書》 (1876年日本內務省)，《朝鮮東海岸圖》(1876年日本海軍省)，《日本戰爭實記》(1905年東京博物館)，《指導區域壹覽圖》(1936年日本陸軍參謀本部)。
中國古代地圖《朝鮮八道總圖》中獨島也標記為韓國領土
中國明朝使者董越於公元1488年遵照(英宗)皇帝的聖旨遊覽朝鮮疆土後制定了名為《朝鮮賦》的見聞錄。《朝鮮八道總圖》就記載於該見聞錄的第4~5頁。它可以證明獨島屬於韓國領土。《朝鮮賦》是日本於1717年在原版漢字上加上日語發音的手抄本,現珍藏於日本。